اتهمت جماعات المعارضة في جنوب السودان، الجيش الشعبي وحكومة الاقليم بالتلاعب في صناديق الاقتراع، وتخويف ممثلي المرشحين والاحزاب خلال عملية فرز الاصوات. وقال ستة مرشحين مستقلين، او من المعارضة من مختلف اجزاء الجنوب، ان أنصارهم تعرضوا للتخويف على أيدي الجيش الشعبي، أو مسؤولين من الحركة الشعبية خلال فترة التصويت التي استمرت خمسة ايام خلال الاسبوع الماضي، واثناء فرز الاصوات. وقال البينو أكول أكول، من حزب جبهة الانقاذ الديمقراطية المتحدة المعارضة ، ان تسعة صناديق اقتراع من سبعة مراكز تصويت سرقت وما زالت مفقودة في دائرته. واضاف «هذه ليست انتخابات انما هي مهزلة»، واوضح انه في خمسة مراكز تصويت في منطقة مالوال بولاية شمال بحر الغزال طرد الجنود ممثلي الاحزاب، ثم أشرفوا على مراكز الاقتراع وحدهم. ونفى الجيش الشعبي لجنوب السودان التدخل في اي جزء من عملية الاقتراع، قائلا ان مرشحي المعارضة يشتكون للتغطية على نتائجهم السيئة في الانتخابات. وقال كول دايم كول ،المتحدث باسم الجيش «هذه مجرد محاولة لتبرير هزائمهم ، لا دليل على هذا». وقال مرشحون جنوبيون مستقلون ومن المعارضة من دوائر في ولايات الوحدة وشرق الاستوائية وأعالي النيل وبالقرب من العاصمة الجنوبيةجوبا ، ان قوات الامن أبعدت ممثليهم خلال عملية فرز الاصوات. وأكدت سارة نياناث ، وهي مستقلة تنافس على منصب حاكم أعالي النيل في منطقة لوجوشوك في الولاية، ان مسؤولا حكوميا طرد كل ممثلي الاحزاب من احد مراكز الاقتراع قبيل الفرز، ثم أضاف 732 صوتا الى صناديق الاقتراع. ولم يستطع مسؤول عن الانتخابات في جنوب السودان ان يؤكد هذه الرواية، لكنه اقر بان كثيرا من موظفي مراكز الاقتراع اشتكوا من مضايقات.وأكد فريق مراقبين تقوده بريطانيا انه سجل اعمال تخويف في الجنوب، لكنه قال انه على وجه العموم في المناطق الحضرية في أغلبها التي استطاعوا الوصول اليها فان الانتخابات أدارتها قوات الامن بحرفية ومهارة. وقال بول موركرافت، رئيس البعثة المؤلفة من 50 فردا «معظم اعمال التخويف المكشوفة ان لم يكن كلها التي شهدناها كانت في الجنوب وأغلبها على يد الحركة الشعبية».