نفت الجامعة العربية بشدة مزاعم باستضافة الخرطوم لمراقبيها الذين شاركوا في مراقبة الانتخابات على حسابها في الفنادق ومنحهم سيارات الدولة لتنقلاتهم ،ووصفت الجامعة تلك الأنباء بالمغرضة وأنها تسعى للتشكيك في حيادية واستقلالية البعثة، وذكرت أن تقاريرها حول الانتخابات تضمنت السلبيات أكثر من الإيجابيات وكانت مراقبة شفافة. وأبلغ مسؤول إدارة التعاون العربي الأفريقي بالجامعة العربية، سمير حسني، «الشرق الأوسط» أنه ليس صحيحا على الإطلاق أن بعثة الجامعة كانت في استضافة الحكومة السودانية، مؤكدا بالمقابل أن البعثة شاركت كجهة مراقبة في الانتخابات على نفقة الأمانة العامة للجامعة ولم تتحمل الخرطوم أيا من نفقاتها وتكاليفها، بما في ذلك الإقامة واستئجار الفنادق والسيارات والاستعانة بمساعدين محليين. وقال حسني: «هذه تجربة مستقلة بكل المقاييس للجامعة العربية إداريا وماليا وفنيا»، لافتا إلى أن المراقبين الذين يصل عددهم إلى 50 مراقبا قد وصل إجمالي نفقاتهم نحو 200 ألف دولار أميركي من نفقة الجامعة العربية، واعتبر الحديث عن الاستضافة من طرف الحكومة السودانية محاولة للتشكيك والطعن في مصداقية الجامعة العربية وبعثتها والتقارير الصادرة عنها.