شرعت السلطات العدلية المختصة في التحقيق مع رموز وقيادات النظام السابق، حول جريمة تقويض النظام الدستوري والانقلاب على الحكومة الديمقراطية المنتخبة في عام 1989 ، وفقاً للجنة قانونية خاصة مشكلة من قبل النائب العام للنظر في البلاغ المقدم من قبل مجموعة من رجال القانون بقيادة الراحل علي محمود حسنين. إجراءات وملاحقات ذكرت تقارير إعلامية، أن السلطات شرعت في إجراءات القبض على النائب الأول السابق لرئيس الجمهورية الفريق أول ركن بكري حسن صالح، فيما كشفت مصادر مطلعة أن عملية التوقيف ستطال إلى جانب الفريق بكري كل من العميد فيصل أبو صالح والعميد سليمان محمد سليمان. أما المدنيون المتهمون بالمشاركة إلى جانب العسكريين، فبخلاف الذين تم القبض عليهم مؤخراً مثل الأمين العام للمؤتمر الشعبي د. علي الحاج، وقيادات الوطني علي عثمان طه ونافع علي نافع وعوض الجاز، فإن القائمة المدنية تشمل أيضاً العقيد طبيب الطيب إبراهيم محمد خير ورئيس حركة الإصلاح الآن د. غازي صلاح الدين، وإبراهيم السنوسي، فيما توقعت المصادر استمرار عملية توقيف مجموعة أخرى من المدنيين من قيادات الجيل الثالث للحركة الإسلامية من الذين أوكلت لهم مهام مدنية وشبه عسكرية لتأمين عملية الانقلاب. محاكمة سياسية يصف القيادي بالمؤتمر الشعبي كمال عمر المحامي، التحقيقات الجارية مع رموز النظام السابق بتهمة المشاركة في جريمة انقلاب يونيو 1989 ، بأنها تتم وفق عدالة مسيسة، بعد أن تحولت الحكومة من (انتقالية) إلى (انتقامية) ، وأن هم الذين يقفون وراءها الأساسي كسب الإقليم، لحاجتهم إلى المال، بعد أن تيقنوا بعدم تعاون المجتمع الدولي معهم، ولذلك يريدون تقديم الثمن وهو إزاحة الإسلام السياسي الحركي، ولذلك أثاروا قضية ملف الثلاثين من يونيو، ويؤكد كمال عمر في تعليقه ل(السوداني) أن انقلاب الإنقاذ سقط بالتقادم وليس هناك مسؤولية جنائية لأنه قبل ثلاثين يونيو الجبهة الإسلامية كانت في قلب النظام الدستوري ب52 عضواً في البرلمان وكانت حريصة على استقرار البلاد لكن مذكرة الجيش وإقصاء الجبهة وضعف النظام السياسي أدت لحيثيات يونيو وأضاف :" ولا يمكن أن يسأل البشير ولا أي شخص عن انقلاب لأن البلاد كانت مجدوعة في الكوشة ومنتهية ". وقال إن المضي في القضية سيدخل الساحة السياسية في مشكلات ..البلاد في غنى عنها. وقال كمال عمر إن الإسلاميين لا يرفضون المحاكمات، ولكن يجب أن تبدأ المحاكمات بانقلاب نوفمبر 1958 الذي قام به حزب الأمة والانقلابين اللذين قام بهما الحزب الشيوعي لأن الجميع متورطون في الانقلابات. محاكمة قانونية يقول المحامي كمال محمد الأمين ، رئيس الدائرة القانونية لحزب المؤتمر السوداني، إن حيثيات أي محاكمة تتطلب توفير سند دستوري وقانوني، ويؤكد أن ذلك ما يحدث الآن لمحاكمة رموز النظام السابق على جريمة انقلاب يونيو، حيث نصت الوثيقة الدستورية للفترة الانتقالية وأجازت في مبادئها العامة محاكمة أي شخص ارتكب جرماً ضد الدولة من فساد مالي وإداري منذ عام 1989 وحتى تاريخ سقوط نظام البشير عقب ثورة ديسمبر /إبريل . يؤكد المحامي كمال في تعليقه ل(السوداني) أن هذه الخطوة مبنية على سابقة قانونية، بمحاكمة مرتكبي انقلاب مايو 1969 ، حيث جرت محاكمة مدبري ذلك الانقلاب، بموجب قرار بتشكيل محكمة أمن الدولة التي شكلت بالمادة 31 الفقرة الخامسة، ضد أبو القاسم محمد إبراهيم وزين العابدين محمد أحمد وخالد حسن عباس تحت المادتين 69و109 من قانون العقوبات 1957، وكانت على نسق ذات المحاكمة التي تجري الآن، وأن المحكمة استعرضت قانون 1925 و1929 وقالت لا يوجد ما يمنع محاكمة هؤلاء المتهمين بموجب قانون ملغي شريطة أن ينص ذلك القانون الملغي على مبدأ عدم رجعية القوانين. لكن يجوز محاكمة أي شخص ارتكب جريمة من شأنها تقويض النظام الدستوري بموجب قانون ملغي شريطة أن ينص على عدم استثناء فعل من الجريمة. ويعتقد كمال أن هذه السابقة تنطبق انطباق الحافر على الحافر على مدبري انقلاب 1989. لأن قانون العقوبات لعام 1983 الذي ارتكبت جريمة تقويض النظام الدستوري في ظله كانت جريمة لا تسقط بالتقادم. ويؤكد أن الهدف من هذا التشريع عدم إفلات كل من يحاول تقويض النظام الدستوري من العقاب وبالتالي محاكمة الذين شاركوا في انقلاب الإنقاذ صحيحة وفقاً للقانون ولاغبار عليه. فلاش باك في السابع من نوفمبر الجاري، أصدر النائب العام تاج السر الحبر، قراراً بتشكيل لجنة قانونية للتحقيق والتحري في انقلاب الإنقاذ عام 1989 بقيادة الرئيس المعزول عمر البشير، وأمهل النائب العام اللجنة المختصة ثلاثة أشهر لتقديم تقريرها النهائي ومنح القرار اللجنة صلاحيات النيابة العامة الواردة في القوانين والاستعانة بمن تراه مناسباً. ووجه النائب العام بتوفير الاعتمادات المالية اللازمة للجنة لإنجاز مهمتها. وكانت مجموعة من السياسيين القانونيين بقيادة الراحل علي محمود حسنين تقدمت ببلاغ ضد رموز النظام السابق المتورطين في تقويض النظام الدستوري والمشاركين في انقلاب 1989 .
