في مقابل ذلك نفت حكومة السودانية التي حصلت ثناء أمريكي مؤخرا على جهودها وتعاونها في مكافحة الإرهاب، نفت مسؤوليتها عن التفجيرين دافعة بأنها حاولت تسليم أسامة بن لادن إلى الولاياتالمتحدةالأمريكية، كما دفعت بأنها طردت أسامة بن لادن قبل عامين من التفجير. ولكن المحكمة اعتمدت شهادات الخبراء الذين أكدوا أن الحكومة السودانية واصلت دعمها لتنظيم القاعدة. يقول وكيل وزارة العدل السابق عبد الدائم زمراوي، إن موقف السودان من القضية كان واضحاً منذ البداية بأن هذه المحكمة لا ينعقد لها الاختصاص. ويشير زمراوي إلى أن العديد من الدول كالسعودية أتى ذكرها في القضية ولكنها لم تكن مصنفة ضمن لائحة الدول الراعية للإرهاب مثل السودان الذي جوزت المحاكم مقاضاته. ويلفت زمراوي إلى أن المحكمة لم تتوفر لها بيانات واضحة ضد السودان سواء عبر الأدلة التي تثبت دعمه وتمويله للعملية وإنما اكتفت بالاستناد على أحداث تاريخية، ويضيف: "في ذلك الوقت لم تكن القاعدة مصنفة كتنظيم إرهابي، ولم يكن بن لادن مطلوباً". وأيدت محكمة الاستئناف الاتحادية حكم دائرة العاصمة واشنطن القاضي بأن السودان مسؤول عن التفجيرات. وكانت محكمة واشنطن قضت بالغرامة (10.2) مليار دولار، ولكن محكمة الاستئناف الاتحادية قررت إلغاء التعويضات العقابية واكتفت بغرامة (7.3) مليار دولار عن الأضرار. وستستوضح محكمة الاستئناف الاتحادية محكمة استئناف مقاطعة كولومبيا حول ما إذا كانت أسر الضحايا غير الأمريكيين مؤهلة للحصول على تعويض أم لا، باعتبار أن هذا الحكم يقع في إطار قوانين الولاية وليس القوانين الاتحادية. ويقول المحامي حاتم الياس إن ما حدث هو نتاج التعامل الحكومي مع القضية بنوع من عدم الجدية. ويضيف إلياس: "من المفترض أن تشرح السفارة السودانية في واشنطن للجهات العدلية في السودان خطورة مثل هذه القضايا". ويلفت إلياس إلى صعوبة فرص طعن السودان في الحكم، لجهة أن المحاكم العليا الأمريكية لا تبطل مثل هذه الأحكام. ويشير الياس إلى أن محامِي الضحايا درسوا جيداً خصمهم وتعامله مع مثل هذه القضايا بشكل من عدم الاكتراث مما أكسبهم أسبقية في درجات التقاضي. من جهة أخرى يرفض زمراوي اتهام الحكومة بعدم الاكتراث، ويقول إن السودان ظل على تواصل وتشاور دائم مع مكاتب محاماة أمريكية، أجمعت على أن الأمر كله مرتبط بوجود السودان في لائحة الإرهاب وأنه في حال خروجه من اللائحة فسيسقط المسوغ لمقاضاته، ولن ينعقد الاختصاص للمحكمة. تاريخ القضية وبدأت الدعوى القضائية ضد حكومة السودان في عام 2001، ولم يظهر ممثلو الحكومة أمام المحكمة حتى عام 2004، ثم توقفت الحكومة عن دفع أتعاب محاميها في العام التالي وعن الاتصال بهم إلى أن سمحت لهم المحكمة بالانسحاب من القضية 2009. وظلت الحكومة السودانية دون تمثيل حتى عام 2015، لتقضي المحكمة بأن الحكومة فشلت في الظهور وأصدرت حكمها؛ ثم استأجرت الحكومة السودانية عام 2015 شركة محاماة كبيرة (وايت وكيس) التي قدمت استئنافاً لإسقاط الحكم، متعللة بأن حكومة السودان لم يكن يعرف الإجراءات القضائية الأمريكية وأنه كان مشغولاً بالكوارث والحروب المحلية. وأيدت محكمة الاستئناف حكم محكمة المقاطعة موردة (فيما يتعلق بالمتاعب المحلية لاحظت محكمة المقاطعة أن بعضاً من ذلك الاضطراب.. كان من صنع الحكومة السودانية نفسها، ولكن بغض النظر عن اللوم، لا يمكن أن يُعذر السودان على عدم المشاركة لست سنوات على الأقل دون إرسال رسالة واحدة إلى المحكمة..). يعود المحامي حاتم إلياس ويشير إلى أن مثل هذا الحكم يكون واجب التنفيذ في ظل اليد الطائلة لأمريكا في النظام المصرفي العالمي، الأمر الذي لا يجعل هناك مخرجاً لهذه القضية سوى الجلوس مع المحامين والتوصل لتسوية، وهو ما سيكبد الخزانة السودانية خسائر طائلة. من جانبه يشير زمراوي إلى أن مسألة التنفيذ ستكون مرتبطة بشكل أساسي بوضع السودان في لائحة الإرهاب، ويضيف: "في حال رفع السودان من هذه اللائحة فستنشأ تعقيدات أمام التنفيذ، وإلا سيتم الحجز على أصول السودان". ولم تكن قضية تعويضات ضحايا تفجيري السفارة الأولى من نوعها، حيث تزامنت مع قضية تفجير المدمرة كول. المدمرة كول في ديسمبر من العام 2015 وافقت وزارة العدل الأمريكية على طلب السودان إعادة النظر في أحكام الغرامات التي أصدرتها المحاكم الأمريكية بتغريم السودان ثلاثمائة وخمسة عشر مليون دولار لصالح ضحايا المدمرة كول التي جرى تفجيرها عام 2000م بسواحل اليمن. وكان المدعي العام لمدينة نيويورك وجه القاضي المختص بفتح القضية مجدداً وإعادة المحاكمة مما يعني إسقاط الإجراءات والحكم القديم، ووجهت المذكرة المحكمة بإرسال إعلان قضائي جديد إلى وزير الخارجية السوداني وتمكين حكومته من التقدم بدفوعاته. في المقابل يبدو أن القرار لم يحقق صدى يذكر بالخرطوم، بينما أثار القرار حالة من الاستياء والسخط في أوساط المستفيدين من التعويض من أسر ضحايا الحادثة ومحاميهم. وفي نهاية سبتمبر الماضي 2015 قضت محكمة استئناف أمريكية بأنه يجب أن تحول ثلاثة بنوك أموالاً سودانية لضحايا الهجوم للمساعدة في تنفيذ حكم بدفع 315 مليون دولار، ورفضت حينها الدائرة الثانية بمحكمة الاستئناف الأمريكية دفوعات السودان بأن المدعين فشلوا في اتباع الإجراءات الصحيحة في السعي للحصول على الأموال المحتجزة في حسابات تسيطر عليها بنوك (المشرق بي. إس. سي) و(بي. إن. بي باريبا) و(كريدي أغريكول). وقام المدعون وهم 15 بحاراً أمريكياً أصيبوا في الهجوم وثلاث من زوجاتهم برفع قضية في عام 2010م ضد السودان في واشنطن قائلين إن هذا البلد قدم دعماً مادياً لتنظيم القاعدة ساعد في تسهيل الهجوم. وفي عام 2012م أصدر قاضٍ اتحادي في واشنطون حكماً غيابياً بغرامة 314.7 مليون دولار على السودان الذي لم يرد على القضية. وفي محاولة لجمع بعض الأموال حصل المدعون على أوامر من القاضية أناليسا توريس القاضية بالمحكمة الجزئية الأمريكية في نيويورك تطالب البنوك بتحويل أموال في حوزتها تخص السودان. والطعن المقدم من السودان في أوامر التحويل يمثل المرة الأولى التي يظهر فيها هذا البلد رسمياً في القضية، ودفع السودان بأن القضية الأصلية لم ترفع بالطريقة المناسبة ضد وزير الخارجية لأن الشكوى أرسلت إلى السفارة السودانية في واشنطن وليس مباشرة لعاصمتها الخرطوم. وقال السودان أيضاً إن المحكمة الأقل درجة فشلت في اتباع الخطوات الصحيحة في إصدار أوامر التحويل غير أن محكمة الاستئناف رفضت حينها الدفوع في الحالتين.