أعرب المؤتمر الوطني عن حسرته على انفصال الجنوب، واعتبره خسارة كبيرة للسودان لأنه أسهم في قيام دولة عنيدة ومخربة وغير متعاونة، وأصبح قاعدة لاستضافة كل المتآمرين على وحدة السودان، وأضاف الحزب في أول تعليق له بمناسبة العيد الوطني الأول لدولة الجنوب أن الانفصال أدى إلى فقدان عدد من دول الجوار الافريقي وفقدان عمقه وبعده الافريقي. ورسم القيادي بالحزب د. قطبي المهدي صورة قاتمة لمستقبل دولة الجنوب مشيراً إلى أن الحكومة في الخرطوم سلمت الاقليم لفئة حاقدة ومدفوعة بأجندة خارجية لا تكن للسودان ألا العداء، مشيراً إلى أن انفصال الجنوب شكل إغراءً للعديد من الأطراف المعادية للسودان بأن تكرر ذات السيناريو، ونوه قطبي في تصريحات له أمس بمقر حزبه أن السودان فقد بذهاب الجنوب الأمن القومي الذي كان يمكن أن يكون قويا، إضافة لاقتصاد متنوع ووضع سياسي مميز افريقيا ودوليا. وسخر د. قطبي من أنصار الانفصال الذين كانوا يراهنون على قيام دولة جارة مسالمة ومتعاونة اقتصاديا وهو ما يكذبه الواقع لإسهام الدولة الجديدة في قيام أزمة اقتصادية طاحنة جدا لفشل طاقم الحكومة في جوبا الذي يرهن إرادته لقوى خارجية. وأشار إلى إمكانية استفادة الشمال من الانفصال بإعادة ترتيب اقتصاده بعيدا عن البترول الذي كان ثروة سهلة وأن تتعلم الخرطوم أن الاستهلاك غير المرشد كارثة، مطالبا بضرورة انتهاج فكر جديد فيما يتعلق بالاستفادة من موارد الدولة. وأبدى د. قطبي ثقته بذهاب حكومة الحركة الشعبية (عاجلا أم آجلا) وتوقع أن يؤدي ذلك لإعادة العلاقات بين البلدين لوضعها الطبيعي مستقبلا.