دخل النفط في دولة جنوب السودان الذي يشكل عصب الاقتصاد للدولة الوليدة والسودان على السواء في حلبة الصراع الدائر بين الحكومة وهناك متمردون يقودهم رياك مشار بتهديد نائب رئيس دولة جنوب السودان المقال بإيقاف تصدير النفط من ولاية الوحدة بعد إعلان سيطرته عليها، واشترط مشار الذي استولى على أسلحة ومعدات كبيرة في بور لاستمرار تدفق النفط على أن توضع عائداته في البنك الدولي أو في حساب بعيداً عن الحكومة ، في بادرة تعد الاولى لدخول النفط في الصراع . وقدر محللون اقتصاديون الفجوة التي خلفها انفصال جنوب السودان حوالى ( 2.4) مليار دولار في المالية العامة فضلاً عن عجز تجاري قدره (540) مليون دولار في نهاية هذا الربع من العام بالمقارنة مع فائض قدره( 1.7 )مليار دولار في الفترة نفسها من العام الماضي. ويعد التعاون الاقتصادي من أهم أسس العلاقة بين الدولتين بحسب رأي الخبير الاقتصادي د.بابكر محمد توم ، وذلك للفرص الاقتصادية الهائلة التي يمكن أن تتحقق في حالة استدامة السلام ، ويأتي النفط وتمدد أنابيبه حتى البحر الأحمر زائداً المصافي والخبرة السودانية من أهم المرتكزات لاستدامة علاقة مثمرة ومفيدة لكل الأطراف، ومضى قائلاً» . لعلَّ من أكبر عوامل التعاون المشترك التداخل الكبير على مستوى السكان والامتدادات القبلية والحدود المشتركة الطويلة بين البلدين ، فمن شأن كل ذلك أن يسهم في إقامة منطقة تعاون مشترك ربما تصبح من أغنى المناطق في كل أنحاء الدولتين وذلك لتوافر مجموعة من العوامل الاقتصادية أهمها الثروة الحيوانية الكبيرة واعتدال المناخ طوال فترات العام تقريباً وتوفر المياه لشهور طويلة بالإضافة إلى الأنهار والجداول والخيران الموسمية والثروات المعدنية الأخرى المطمورة في باطن الأرض.» افتراض تعميق العلاقات بين البلدين لارتباطهما العضوي في المصالح يظل هدف استراتيجي لهما بحسن إفادة الدكتور حسن أحمد طه أمين القطاع الاقتصادي بالمؤتمر الوطني لوكالة السودان للأنباء، منوهاً الى أن الوضع الراهن يؤثر بصورة مباشرة على السودان في حال توقف تصدير نفط الجنوب أو تدفقات اللاجئين عبر الحدود . وفيما يتصل باشتراط مشار تصدير نفط دولة الجنوب بايداعه فى حساب بالبنك الدولي قال الخبير الاقتصادي طه هذا لا ينم عن تصريحات تصدر من شخصية تولت منصب نائب رئيس وادراكه للمعاناة والتعقيدات التي يخلفها وقف تصدير النفط الذي يشكِّل 95% من موارد الخزينة العامة لدولة جنوب السودان لافتاً الى أن قرار فتح الحساب قرار سيادي تملكه الدولة العضو في البنك الدولي . ورجّح وقوف السودان مع استقرار الأوضاع في الجنوب وقيام علاقات حسن جوار معه والتوسع في تعميق العلاقات التجارية والاقتصادية وفتح المعابر . أما الأستاذ السر سيد أحمد الخبير في مجال النفط والغاز رأى أن أغلب نفط الجنوب في حقول سارجاث وولاية الوحدة والبحيرات وأعالي النيل وهي المناطق التي يدور فيها الصراع حالياً بين قوات الحكومة وقوات مشار، منوّهاً الى أن قرار مشار ايقاف تصدير نفط دولة الجنوب يتوقف على مدى اعتراف المجتمع الدولي بمشار في الاحكام سيطرته على أراضي جنوب السودان إلاّ أن عاد وقال إن سلفاكير أطلق على حركة مشار انقلاب، موضحاً أن الاتحاد الافريفي علق عضوية مصر بسبب الانقلاب وهناك العديد من الدول الغربية لا تعترف كذلك بالحكومات التي تأتي عن طريق الانقلاب . وتكمن الأزمة حالياً في فرار نحو (200) من عمال النفط الى قاعدة الأممالمتحدة في بانتيو، وحديث مسؤول كبير من شركة النفط الصينية الوطنية عن نقل عمال الشركة الى جوبا وترتيبهم إجلاءً مرتباً للعاملين، منوّهاً الى أن الحقول المتضررة لا تديرها الشركة الصينية . وبرز قلق الصين الشريك الأكبر والرئيسي في استخراج وإدارة نفط دولة جنوب السودان في تصريحات المتحدثة باسم وزارة الخارجية الصينية «السفارة في جوبا ستواصل حث حكومة الجنوب على اتخاذ إجراءات لضمان سلامة العاملين الصينيين والمؤسسات الصينية، وأبدت تخوفها من الاضطرابات، داعياً الى اقرار الاستقرار والسلام فى دولة جنوب السودان .