رفضت الحركة الشعبية لتحرير السودان مشاركة حزب المؤتمر الوطني في مؤتمر جوبا وفق شروط مسبقة، في وقت اعتبر الأمين العام للحركة باقان أموم الحديث عن مرشحي الحركة الشعبية لتحرير السودان للانتخابات المقبلة سابقاً لأوانه. وأكد الأمين العام للحركة الشعبية لتحرير السودان، أن المشاركة أمام جميع الأحزاب مفتوحة على قدم المساواة ودون شروط وقال "نرفض جملة وتفصيلاً مشاركة أي حزب في مؤتمر جوبا بشروط مسبقة" وزاد، "إذا كان المؤتمر الوطني ينوي الحضور لجوبا بهذا المفهوم نناشدهم عدم فرض الشروط وأن يشاركوا مثلهم مثل الأحزاب الأخرى". ودعت الحركة الشعبية القوى السياسية السودانية الى عقد مؤتمر بحاضرة جنوب السودان جوبا، لبحث قضايا البلاد، مثل أزمة دارفور والانتخابات والاستفتاء على حق تقرير المصير للجنوب في 2011م. مطالبة بالمشاركة في الإعداد وفي المقابل ربط مستشار الرئيس السوداني أمين العلاقات الخارجية بالمؤتمر الوطنى مصطفى عثمان إسماعيل مشاركة حزبه فى مؤتمر جوبا، الذى تبنت الدعوة له مجموعة من الأحزاب المعارضة، بموافقة القوى المنظمة على ما طرحه من شروط قال إنها واجبة. وأشار الى أن رد المؤتمر الوطنى على طلب منظمي مؤتمر جوبا جاء بأن مشاركته مرهونة بتنفيذ شرطين، الأول ضرورة مشاركته فى الإعداد والتحضير لهذا المؤتمر وإشراك كل القوى السياسية الوطنية فيه، بدلاً عن قصر الأمر على أحزاب وتنظيمات بعينها وعزل أخرى. وأكد تمسك المؤتمر الوطنى بهذه الشروط حتى تكون هناك شراكة حقيقية وغير صورية فى التحضير والمشاركة بالنقاش فى مخرجاته، بدلاً عن الدعوة للمشاركة فى عمل جاهز. تحديد معايير لمرشحي الحركة في غضون ذلك، قال باقان إن الحركة لم تسم مرشحيها للانتخابات القادمة وإن الأولوية الآن أمام الحركة الشعبية لضمان قيام انتخابات حرة ونزيهة، مشيراً الى أن الحركة شكلت لجنة لتحديد معايير الترشيح للانتخابات المقبلة في مستوياتها كافة، وأضاف: "قبل إعلان المرشحين لا بد من ضمان قيام الانتخابات وفق أجواء من الحرية والشفافية والنزاهة"، وأشار الى تكوين حركته للجنة عليا لإعداد استراتيجية الحركة ووضع أسس ومعايير اختيار مرشحي الحركة. الى ذلك، رهنت الحركة الشعبية لتحرير السودان في جنوب كردفان مشاركتها في الانتخابات المقبلة بتنفيذ ما اسمته استحقاقات السلام وفي مقدمتها التعداد السكاني الذي ترفض الإقرار بنتائجه وترسيم الدوائر الجغرافية. وقال سكرتير الحركة الشعبية بجنوب كردفان أرنونقلتو إنه لا يمكن أن نسمي مرشحينا للانتخابات قبل إيجاد حل لمعضلة التعداد السكاني، فيما قالت القيادية بالحركة سرجا حسن برنجي: "نحن جاهزون رغم المعوقات الإدارية وفي مقدمتها نتائج التعداد السكاني وعمليات إعادة دمج الجنود المسرحين، فضلاً عن تسييس الخدمة المدنية"، على حد قولها، والعودة الطوعية.