نشب خلاف بين السودان ويوغندا يوم الخميس في الجلسة الختامية للقمة الإسلامية الثانية عشرة برئاسة الرئيس المصري محمد مرسي حول بيان القاهرة الختامي. وعاد الرئيس عمر البشير إلى الخرطوم مساء اليوم بعد مشاركته في أعمال القمة. وطلب رئيس الوفد اليوغندي خلال الجلسة التعقيب على الشكوى التى تقدم بها السودان ضد بلاده، داعياً في مداخلة الأمين العام إلى تشكيل لجنة لتقصي الحقائق على الأرض، وطالب بتعديل فقرة حول هذه الشكوى التي نفتها بلاده. لكن رئيس وفد السودان علق بأن هذه الفقرة نوقشت خلال اجتماع كبار الموظفين وعلى المستوى الوزاري وأخضعت لمزيد من النقاش. وعلى أثر ذلك تدخل الرئيس مرسي، وأكد أن السودان ويوغندا هما من البلاد الأفريقية التي يحترم كل منهما الآخر مع التحفظ عليه، إلا أن رئيس وفد يوغندا عقب على ذلك وحسم الرئيس مرسي الأمر بطلب مداخلة الأمين العام. الخرطوم وجوبا ودعت القمة الإسلامية لإقامة علاقات حسن جوار بين السودان وجنوب السودان والسعي لإيجاد حل سلمي لجميع القضايا العالقة بين البلدين عن طريق الحوار والتفاوض. وأكدت القمة في بيانها الختامي على دعمها لوحدة للسودان وسيادة وسلامة أراضيه. وأعربت القمة عن أملها في أن تساعد الاتفاقيات التي تم توقيعها بين البلدين في التوصل لحل نهائي لجميع القضايا العالقة. وجددت القمة دعم الدول الأعضاء في منظمة التعاون الإسلامي للسودان فيما يبذله من جهود لتذليل الصعوبات الاقتصادية والمالية بعد انفصال جنوب السودان. وناشد البيان الختامي الدول الأعضاء والمؤسسات المالية التابعة لمنظمة التعاون الإسلامي للإسهام في تقديم جميع أشكال الدعم والمساعدة في هذا الشأن. لجنة تقصي " الرئيس السوداني عمر البشير عقد عدة لقاءات على هامش المؤتمر مع عدد من رؤساء الدول من بينها إيران ومصر والعراق وأندونيسيا وتركيا "ودعا البيان الختامي إلى تشكيل لجنة تقصي حقائق لبحث شكوى السودان ضد يوغندا وتكليف الأمين العام برفع التقرير على وجه السرعة لهيئة مكتب المنظمة. في سياق متصل قال وزير الإرشاد والأوقاف السوداني الفاتح تاج السر عبد الله إن الرئيس السوداني عقد عدة لقاءات على هامش المؤتمر مع عدد من رؤساء الدول من بينها إيران ومصر والعراق وأندونيسيا وتركيا. وأبان أن البشير أكد للرؤساء الذين التقاهم أن السودان أبوابه مفتوحة ومستعد للتعاون معها، متمنياً أن تصب هذه اللقاءات في مصلحة السودان وتلك الدول والعالم الإسلامي والعربي. وعاد البشير إلى الخرطوم مساء الخميس بعد مشاركته في أعمال القمة الثانية عشرة لدول منظمة التعاون الإسلامي التي اختتمت أعمالها بالقاهرة وكان في استقباله النائب الأول للرئيس علي عثمان محمد طه وعدد من الوزراء.