باستمرار ظل مسؤولو الحكومة الانتقالية يشكون من تعويق عناصر النظام البائد لمسيرة الفترة الانتقالية سواء كان الموجودين في مفاصل الدولة وهياكل الخدمة المدنية أو الموجودين خارجها، ولعل أبرز تلك الشكاوى وآخرها جاءت من عضو مجلس السيادة الرئيس المناوب للجنة تفكيك نظام الثلاثين من يونيو 1989 واسترداد الأموال العامة محمد الفكي سليمان،، حينما أكد أن تحركات للفلول داخل وخارج أجهزة الدولة تستهدف إعاقة الفترة الانتقالية، وقال إن هنالك تحركات لفلول النظام البائد لإعاقة عملية الانتقال الديمقراطي بالبلاد، وأقر عضو مجلس السيادة بأن المرحلة الانتقالية أصبحت مهددة من خلال النشاط المتزايد لفلول الحزب المحلول من داخل وخارج أجهزة الدولة خلال الفترة الأخيرة لفتح الباب للطامعين والمغامرين في تعديل المعادلة السياسية للفترة الانتقالية. لغة التهديد ودعا المحلل السياسي عبد الرحمن أبو خريس ل(الصيحة)، الحكومة للإدراك بأن عناصر النظام البائد لن يصمتوا، خُصُوصاً وأن لجنة إزالة التمكين جرّدتهم من ممتلكاتهم ولم تعترف بهم كمسؤولين سابقين في مجالات مختلفة، وقال "لذلك طبيعي أن يكون هنالك من يقف ضد الفترة الانتقالية وهذا شيء طبيعي"، ودعا لضبط خطاب الحكومة السياسي وأن لا يتجاوز الخطاب المعايير الديمقراطية، وكشف عن أن مثل هذه الخطابات تؤدي إلى عمل تخريبي، وكشف أبوخريس عن مُتحالفين مع النظام السابق ومنهم من وقعوا حالياً على اتفاق السلام، وطالب لجنة إزالة التمكين بإبعاد الكراهية والتعامل بديمقراطية دون تهديد أو استهداف، لأن الاستهداف يدفعهم لممارسة كل أنواع التخريب والعنف ضد الحكومة الانتقالية. ودعا لخطاب مُتسامح مع التمسُّك بقضية الفساد وتحاشي لغة التهديد والتخريب وعدم التغافل عن حقوق الشعب. تطهير مؤسسات في السياق، قال مقرر اللجنة ووزير مجلس الوزراء خالد عمر يوسف إنّ عمل اللجنة يقوم على أسس وعوامل التغيير وتطهير المؤسسات من عناصر النظام السابق دون انتهاك حقوق الإنسان المعمولة به دولياً، وأكد أن لجنة إزالة التمكين تقف في صدارة أجهزة الثورة والدولة، ونفى وجود شواهد تدل على ممارسة التمكين المُضاد.
