تم التوقيع على اتفاق السلام الشامل في في 9 يناير 2005 بين الحركة الشعبية والحكومة السودانية لتنتهي واحدة من أكثر الصراعات في أفريقيا تعقيداً. وقد كانت الآمال معقودة على تخطو البلاد خطوات واسعة في الانتقال نحو الاستقرار والتنمية بفضل ما حققه اتفاق السلام من شراكة سياسية امتدت لتطال توزيع السلطة والثروة والجوانب العسكرية. وبعد أن مضى تنفيذ الاتفاق وقطع شوطاً طويلاً ببلوغ مرحلة الاستفتاء على تقرير مصير واعلان النتائج التي رجحت خيار انفصال الجنوب، نجد أنفسنا أما عدد من المظاهر الدالة على عدم تعامل زعامات الحركة الشعبية مع اجراءات واستحقاقات اتفاق السلام الشامل مع الأخذ بعين الاعتبار أن الهدف الرئيس للاتفاق تحقيق السلام والاستقرار سواء أن انتهت الامور في مآلاتها النهائية بالوحدة أو الانفصال. معظم زعامات الحركة الشعبية لم يكونو بالوعي والنضج السياسي الذي يجعلهم يدركون ضرورة التحول في المرحلة التالية من مجرد مليشيا تقاتل في الأحراش إلى تنظيم سياسي يمتلك رؤية وبرنامج عمل وهذا ما لم يحدث واعتمد العمل في كلياته على الالتفاف حول عنصر واحد جامع قدمت من خلاله الحركة الشعبية نفسها للمجتمع المحلي في الجنوب والمجتمع الدولي وهو مواجهة الشمال وما ينطوي عليه هذا التصنيف (الشمال) من اسقاطات سلبية كثيرة تغذي الكراهية في النفوس نحوه. إن اتفاق السلام الشامل وإن أقر ومنح الجنوبيين الحق في تقرير مصيرهم طالب الأطراف الموقعة بالعمل على أن تكون الأرجحية لجعل الوحدة خياراً جاذباً. وهذا لم يحدث من جانب زعامات الحركة الشعبية. لقد كان عدم وجود النضج السياسي لدى معظم القيادات دوره في صعود عناصر من بينها وعناصر أخرى انتهازية لقيادة رؤية سياسية وخارطة عمل كرست النفور بين بين أطراف الاتفاق وجعلت تنفيذ استحقاقاته يمر بمخاض أليم، ومن المعروف أن أي فراغ موجود لابد من أن تأتي قوة لتسده. لقد اعلنت نتيجة الاستفتاء وأعلنت الحكومة اعترافها بها وقبولها فهل بلغ الجنوب مبتغاه وهل تحققت الوعود؟! إن الجنوب يقترب من حالة الانهيار وهناك العديد من المؤشرات التي تدعم هذا الأمر من بينها انشقاق عدد من القيادات العسكرية واعلان تمردها على حكومة الجنوب كرد فعل مباشر لحالة الاحباط التي يعيشونها وتتسرب تدريجياً للمجتمع المحلي. وأكدت مصادر اخبارية أن قوات دفاع الجنوب التابعة للجيش الشعبي بجانب الفريق فاولينو ماتيب والفريد لادو قورى وإسماعيل كونى، دفعت بمذكرة للفريق سلفا كير ميارديت رئيس حكومة الجنوب لحل الحكومة وتغيير الخارطة السياسية للجنوبوتحوي المذكرة مطالب تتصل بضرورة إجراء تعديلات واسعة في هياكل الحكم بالجنوب، ومحاربة الفساد، بجانب إصلاح مؤسسات الدولة ومحاربة المفسدين، فضلاً عن إنتخاب حكومة مؤهلة لإدارة الجنوب. ويشير عدد من التقارير إلى أن العنف من أكبر التحديات لمواطني جنوب السودان، ولا تزال عناصر الحركة الشعبية تدعي أن الشمال هو الذي يدير هذا العنف. وذلك بالرغم من الادراك التام بأن الجنوب تحت قيادة الحركة الشعبية غير قادرة على ادارة الاقليم وذلك لسبب بسيط وهو أن هذه الحركة لا تملك وإلى الآن أي رؤية وخارطة عمل لتأسيس نظام سياسي فاعل يحتوي النسيج السكاني المحلي ويطور قدرات الجنوب الاقتصادية ويكافح الفساد المنظم.