شكلت جمهورية السودان وجمهورية جنوب السودان خمس لجان رئيسية لمناقشة الأوضاع المشتركة بين الجانبين والقضايا العالقة وذلك في إطار الزيارة الرسمية التي يقوم بها رئيس حكومة الجنوب الفريق أول سلفاكير ميارديت للخرطوم لإجراء مباحثات رسمية مع الجانب الحكومي وقد شكلت اللجان التي تتكون من لجنة العلاقات الخارجية واللجنة الاقتصادية ولجنة التعليم العالي ولجنة الشؤون الإنسانية ولجنة الأمن والحدود. وحول الجانب الاقتصادي قال وزير المالية الأستاذ علي محمود إن الجانبان اتفقا على خمس نقاط في مجال التعاون الاقتصادي وكيفية التبادل المصرفي وإنشاء إدارة مرافق للبترول فضلاً عن تطوير التجارة عبر الحدود إضافة للحديث عن الديون. وفيما يتعلق بملف التعليم العالي بين الدولتين قال البروفيسور بيتر أدوك وزير التعليم العالي بحكومة الجنوب إنهم ناقشوا قضايا التعاون في مجالات التعليم كما تتطرق اللجنة لقضية الطلاب الجنوبيين بالجامعات الجنوبيةبالخرطوم كجامعة بحري وقضية الاساتذة الشماليين بالجنوب وتطرقت كذلك لجنة التعليم إلى مراجعة ما اتفق عليه في شهر مايو الماضي إلى الاتفاقية حول وضعية الطلاب الجنوبيين في جامعات الخرطوم والنيلين وجامعة السودان للعلوم والتكنولوجيا وجامعة أم درمان الإسلامية على أن يواصلوا دراستهم حتى مرحلة التخرج ويتم تخريجهم بكلياتهم الأم (جامعات بحر الغزال – جامعة جوبا) كما دعا أدوك الطلاب الشماليين للدراسة بالجامعات الجنوبية. من جهته قال البروفيسور خميس كجو وزير التعليم العالي لجمهورية السودان إنهم اتفقوا على أن يتخرج الطلاب بشهاداتهم الأصلية بالجامعات الجنوبية كجامعة بحري، مشيراً إلى أن الجانبين قدموا كثيراً من الحلول والمقترحات لتسهيل التعاون بين الجانبين. وحول العلاقات الخارجية قال الدكتور نيال دينق نيال وزير خارجية جنوب السودان أن اللجنة ناقشت تطوير العلاقات والاتفاق على إرسال كوادر من الشمال لتدريب الجنوبيين على العمل الدبلوماسي بصفة خاصة بغرض تطوير وتأهيل العديد من المؤسسات الحكومية والاستفادة من الخبرات. من جانبه قال الأستاذ جلال يوسف الدقير وزير التعاون الدولي إنهم بصدد تعزيز العلاقة بين الجانبين وتطوير وتأهيل القدرات الخارجية في كافة المجالات الدبلوماسية والتدريب كما أمنا على بناء الثقة بين الحكومتين عبر وزارة الخارجية مضيفاً أن الجانبان اقترحا على البشير وسلفاكير تشكيل لجنة عليا لمزيد من التشاور السياسي وتجتمع بصورة دورية يتم الاتفاق حولها. وعن الأوضاع الإنسانية أوضح الدكتور سليمان عبد الرحمن مفوض العون الإنساني بجمهورية السودان أن اللجنة اتفقت على وضع ملامح رئيسية للدفع بالعمل الإنساني لتكون إحدى وسائل التواصل بين الدولتين مضيفاً إذا كانت هنالك أي عمليات تحتاجها حكومة يتم مساعدتها إن كانت عبر الحدود تتم بإخطار الدولة المعنية، كما تم الاتفاق على المواقف الدولية الخاصة بالشأن الإنساني خاصة المتعلقة بالقانون الدولي وزاد قائلاً: إن اللجنة تطرقت لمناقشة قضايا العالقين بميناء كوستي وعلى الحدود وسوف يتم توفير دعم إضافي مالي وسوف تتم مناشدة الرئيسين البشير وسلفاكير لتوفير دعم مالي إضافي فضلاً على الدعم الذي قدم من قبل واستيعاب العالقين والذين يرغبون في العودة الطوعية والموجودين في نهر النيل والنيل الأزرق والبحر الأحمر كل ذلك يتم باستيعاب بارجات وبصات وقطارات جديدة. ولا زالت لجنة الحدود والأمن تعكف على مواصلة ومناقشة عدد من الموضوعات المختصة بين الجانبين.