رصدت بعثة جامعة الدول العربية لمراقبة الاستفتاء علي تقرير مصير جنوب السودان بعض السلبيات المتمثلة في صغر سن بعض المقترعين ، وتباين فى عدد المسجلين فى بعض المراكز عن العدد المسجل فى قوائم المفوضية ، ووجود مظاهر للدعاية داخل بعض مراكز الاقتراع من قبل بعض موظفى المراكز والمراقبين المحليين، وغياب الرسوم التوضيحية التى ترشد المقترع بتفاصيل وخطوات عملية الاقتراع، فضلا عن عدم وجود قوائم معلقة للمقترعين خارج بعض مراكز الاقتراع بولايات بجنوب السودان. وجاء في تقرير من البعثة قدمه السفير محمد الخمليشى للأمين العام لجامعة الدول العربية السيد عمرو موسى ، ان الاستفتاء اتسم بحسن التنظيم وسلاسة الأداء ، إلا أن التقرير عاد و أكد أن هذه السلبيات ( لا تؤثر على سلامة العملية ) التي قال أنها اتسمت بقدر كبير من الشفافية والنزاهة، وجاءت فى اتساق مع المعايير الدولية ، بما يدفع نحو احترام النتائج التى ستفرزها صناديق الاقتراع. وأكد التقرير على المشاركة الفعالة للعنصر النسائى فى مراكز الاقتراع ، ووجود تعاون لرؤساء المراكز مع المقترعين والمراقبين ، ووجود تسهيلات لذوى الاحتياجات الخاصة وكبار السن ومساعدة الأميين في الاقتراع ، والتواجد الملحوظ والنشط لمنظمات المجتمع المدنى والمراقبين الدوليين، والتواجد المُكثّف لوسائل الإعلام المحلية والعالمية، بالإضافة إلى الحضور الأمنى المتواصل خارج مراكز الاقتراع.