بعد هدوء لم يستمر طويلا، فتح رسم فرضته الحكومة السودانية على مرور بترول دولة الجنوب الوليدة عبر أراضيها وموانئها بابا جديدا للخلافات بين الخرطوموجوبا، الأمر الذي اعتبره محللون سياسيون عودة لخلافات كانت موجودة تم تأخيرها لوقت معلوم. ففي حين أعلنت الخرطوم تمسكها بما اقترحته من رسوم على بترول الجنوب قالت إنها مقبولة لتأجير خطوط أنابيبها وموانئها، استنكرت حكومة جوبا الرسوم بل اعتبرتها محاولة لسرقة أموال الدولة الوليدة بالباطل. وبدا أن الطرفين لا ينويان الجلوس للاتفاق على تسيير علاقاتهما الاقتصادية والسياسية دون اللجوء لأطراف أخرى هي بالأساس غير معنية بمعاناة أو رفاهية شعبي بلديهما. ويرى محللون أن الرسوم الجديدة وإن كانت ذات طابع اقتصادي يخضع لإستراتيجيات معينة، إلا أنها تشكل عملا سياسيا مناكفا. فحكومة جنوب السودان التي اعتبرت أن الرسوم الجديدة "سرقة في وضح النهار"، قالت "إن حكومة السودان أعلنت بسياستها الجديدة حربا اقتصادية على جمهورية جنوب السودان الوليدة". إخلال باتفاق وقالت حكومة الجنوب عبر وزير السلام باقان أموم للصحفيين إن الشمال أخل باتفاقه مع الجنوب بشأن تغيير عملته بجانب اتفاقات أخرى خاصة بالبترول "مما قد يكلف دولة الجنوب نحو 700 مليون دولار أميركي". لكن الحكومة السودانية المتهمة بسرقة الجنوب اعتبرت أن ما طرحه السودان يمثل رسوم عبور معمولا بها في جميع أنحاء العالم، مشيرة إلى أن حكومة جوبا تبحث باتهامها للشمال عن شماعة تعلق عليها ما سماه فشلها المتواصل. وقال وزير الشباب والرياضة أمين التعبئة السياسية بالمؤتمر الوطني حاج ماجد سوار إن السودان يعلم أن الجنوب يعتمد بنسبة 80% في غذائه على واردات الشمال "وليس من تقدير سياسي يجعلنا نخسر شعب الجنوب بسبب ممارسات الحركة الشعبية". وأكد في تصريحه للجزيرة نت أن الجنوب بادر بحصار نفسه اقتصاديا "عندما طرد بنوك السودان من أراضيه وطبع عملته سريا"، مشيرا إلى أن السودان أبدى استعداده للمساهمة في بناء قدرات دولة الجنوب مما يدحض اتهامات حكومة جوبا. أما استشاري التنمية والمجتمع المدني عبد الرحيم بلال فلم يستبعد تطور الأوضاع بين الدولتين إذا لم يتم تدارك الأمر بينهما، معتبرا أن اتهامات جوبا هي بداية لما يمكن أن يحدث مستقبلا. وقال للجزيرة نت إن هناك قضايا بحاجة إلى توافق بين الطرفين وما لم يحدث ذلك فلن تتم معالجتها، منبها إلى وجود من يدعم جانب التباعد بين الدولتين. لكنه استبعد سماح المجتمع الدولي بعودة الطرفين للحرب من جديد "رغم ما يشير إلى ذلك من حروب بالوكالة وغيرها من المشكلات الكبيرة التي تدفع باتجاه ذلك". مصالح مانعة وأكد أن مصالح من تسببوا في فصل الجنوب ربما تمنعهم من دفع جوبا لخوض مواجهة جديدة غير متكافئة، مشيرا إلى لجوء الطرفين لجهة ثالثة للتوفيق بينهما بشأن البترول وبعض القضايا الأخرى المعلقة بين الشمال والجنوب. أما المحلل السياسي عبد الله آدم خاطر فقد أكد أن اتفاق نيفاشا الذي طرح تصورا لحل الأزمات السودانية بما فيها تأكيده على حق تقرير المصير "قد لا يسمح بحدوث مواجهات بين البلدين"، مشيرا إلى عدم رغبة حكومتي السودان الشمالي والجنوبي في العودة بالأمور إلى ما قبل اتفاق السلام. ولم يستبعد أن تكون الاتهامات الحالية بين الطرفين مجرد مناوشات وتصعيد يتمسك من خلاله كل طرف بما يطرح بشأن القضايا العالقة، مشيرا إلى أن البترول نفسه لا يزال في إطار البحث والنقاش. وقال للجزيرة نت إن الاستفزازات التي تصدر من هنا وهناك تأتي في إطار البحث عن حلول مناسبة ترضي طموحات من يطرحها.