لم يستبعد المؤتمر الوطني لجوء الحكومة إلى تعليق العمل ببرتوكول جنوب كردفان وتعيين حاكم عسكري للولاية حال تفاقم الأوضاع، وأكد أنه بعد التوقيع على اتفاقي الدوحة ونيفاشا سيتم التعامل مع كل من يحمل السلاح كإرهابي ومتمرد، وقطع بأن أحداث جنوب كردفان وإصرار الحركة الشعبية على تبعية أبيي للجنوب سيعيق اعتراف الشمال بدولة الجنوب. وقال رئيس القطاع السياسي للمؤتمرالوطني؛ د. قطبي المهدي، في تصريحات محدودة بالمركز العام للحزب إنه لا يمكن الاعتراف بمن يجرك إلى حرب ويقتطع من وطنك، ولا يمكن الاعتراف بدولة تعاديك بهذه الصورة وكل حركة سيقابلها رد فعل، وأشار إلى أن القوات المسلحة كانت تبسط سيطرتها على كل جبال النوبة قبل التوقيع على الاتفاقية باستثناء (5%). ولفت قطبي إلى أن اغتيال عدد من قيادات المؤتمر الوطني بجنوب كردفان بأيدي عناصر الحركة الشعبية دليل على أنها تسعى للاستيلاء على السلطة بالكامل، ورأى أن تعيين حاكم عسكري على جنوب كردفان وتعليق العمل ببرتوكول المنطقة يمكن أن يكون أحد الخيارات حال تفاقم الأوضاع.