أكد المؤتمر الوطني وجود نقلة كبيرة في العلاقات السودانية المصرية بعد زيارة وزير الخارجية علي كرتي إلى القاهرة مؤخرًا، وقال إن الأيام المقبلة ستشهد التحول من الواقع النظري في العلاقات بين البلدين إلى الواقع العملي، وأنحى باللائمة على النظام السابق بمصر على ما آلت إليه العلاقات. وكشف أن قوى اليسار المصري إلى جانب الدوائر الخارجية التي لا ترغب في أي تقارب بين البلدين إلى جانب المعارضة السودانية وحركات دارفور تحاول ضرب العلاقات السودانية المصرية باستغلال بعض القضايا وتأجيجها للإيقاع بين البلدين والاصطياد في الماء العكر. وأكد مدير مكتب المؤتمر الوطني بالقاهرة وليد سيد في حوار مع «الإنتباهة» يُنشر لاحقًا أن العلاقات السودانية المصرية بعد الثورة حدثت فيها نقلة كبيرة بعد تحرير الإرادة المصرية، وقال: النظام السابق ساهم بشكل كبير في عدم تطور تلك العلاقات، وأشار إلى أن ملف العلاقات مع السودان عند القيادة المصرية في السابق كان يمر بالدوائر الخارجية الأمر الذي أدى إلى عدم تطوره. وقال إن الغرب حاليًا لا يريد أي تقارب يتم بين الثورة المصرية والنظام القائم بالخرطوم خوفًا من اتحاد الإسلاميين في البلدين وخشية من أن يكون ذلك خصمًا من القضية مع إسرائيل.ونفى سيد أن يكون المؤتمر الوطني يحتكر العلاقات مع مصر، ونوه بأن الوطني عندما جاء بوفد الثورة المصرية للخرطوم نظم لهم لقاءات مع القوى السياسية السودانية وحتى المعارضة الأمر الذي ترك انطباعًا جيدًا لدى قوى الثورة والأحزاب المصرية التي زارت السودان، ودعا القوى السياسية السودانية أن تحذوا حذوا المؤتمر الوطني وأن تطور علاقاتها بالقوى السياسية المصرية، وأكد أن كل القوى السياسية لا تستطيع تجاوز السودان من خلال برامجها الانتخابية، وأشار إلى أنها أكدت أن السودان يُعتبر العمق الإستراتيجي لمصر. وقال سيد إن الشراكة ستقوم بين الخرطوموالقاهرة في المرحلة المقبلة على على «ساقين» هما الأمن والاقتصاد، ودعا إلى عدم استعجال النتائج والصبر حتى تستقر الأوضاع في مصر، بيد أنه تخوف من الانشقاقات داخل الأحزاب المصرية، وعزا الأسباب إلى حداثة التجربة الرئاسية والبرلمانية وإلى النظام السابق الذي كبت حرية العمل السياسي لتلك القوى السياسية.