مرر البرلمان اتفاقيات التعاون مع دولة الجنوب بالإجماع، وسط تحذيرات من النواب بضرورة الحذر وأخذ الحيطة عند التنفيذ خاصة، وعدم ترك مراقبة التنفيذ للجان التفاوض وحدها. وفيما حذَّر برلماني مما سماه «السم الزعاف» داخل الاتفاقية، كشف عن وجود مخطط أمريكي لخلق سودان من دون العرب والمسلمين، وتخوف من أن يكون الاتفاق خاصة في جانب الحريات الأربع مقدمة لهذا المخطط، موضحاً أن تمرير الحريات الأربع به تعارض مع القيم الإسلامية باعتباره يبيح إقامة حظائر للخنازير، في وقت أكدت فيه نائب رئيس البرلمان سامية أحمد محمد أن التنازل عن حدود 1/1/56م يعد تنازلاً عن الكرامة.وكان رئيس البرلمان أحمد إبراهيم الطاهر قد أوضح للنواب عدم مقدرتهم على إضافة أي تعديل على الاتفاقية، فإما التمرير أو الرفض، مؤكداً أن الإرادة السياسية للدولتين مع الاتفاق. وعبر عضو البرلمان رجب محمد رجب عن خشيته من أن يستغل اتفاق الحريات الأربع من قبل الجنوبيين لتمرير مخطط أمريكي لخلق سودان خالٍ من العرب والمسلمين، وقال خلال التداول حول اتفاق التعاون بين السودان ودولة الجنوب بالبرلمان أمس: «أخشى من أن يأتي قوم نعلمهم يشاركوننا البلد تحت حماية القانون»، وأوضح أن حرية الجنوبيين في العاصمة تتمثل في حظائر الخنازير وعاداتهم والكنائس. وأكد أن هذا الأمر يتعارض مع القيم الإسلامية. ومن جانبه قال رئيس الوفد الحكومي التفاوضي إدريس عبد القادر إن اتفاق الترتيبات الأمنية هو البند الرئيس عند التنفيذ، وأكد ضرورة مراقبة حسن التنفيذ بالاعتبار من تجربة نيفاشا، وأشار إلى أن اتفاق الحريات الأربع سينفذ تدريجياً حسب تدرج العلاقة، ويقوم على المعاملة بالمثل، ووصف حديث الجنوب عن المناطق التي يدعي أنها تتبع له بأنه مجرد حديث سياسي لن يكون له مردود على مستوى التفاوض، وأكد أن بروتكول أبيي سيكون المرجع النهائي لحسم قضية أبيي، وقال إن ضم أبيي للشمال أو الجنوب «خيار صفري» وأمر معقد. وفي ذات السياق أقرَّ وزير الخارجية علي كرتي بوجود اختلاف حول الاتفاقية عقب إجازتها، داعياً إلى حماية ما تم التوصل إليه ومنع أية محاولة لتعكير أو تعطيل الاتفاق، واتهم قلة ناشطة لم يسمها في الجنوب بالسعي لتسميم الأجواء حتى لا يرى الاتفاق النور.