قالت وزارة الصحة بولاية الخرطوم، إن المنتقدين لقرار أيلولة المستشفيات الاتحادية للخرطوم، منهم من هو متخوف من عدم قدرة الولاية على إدارة المستشفيات، يبنما هناك من يرى ضياع المكتسبات والحوافز. وأوضح وزير الصحة الاتحادي بالإنابة د. الصادق قسم الله إن الوزارة ستلتقي الولايات لتقسيم الموارد العلاجية بعدالة، ووضع سياسة لتنقلات الكوادر، بجانب وضع سياسات للتوفيق بين الولايات ووزراة الصحة.وأوضح أن قرار أيلولة المستشفيات صدر منذ العام «1993م» بقرار من مجلس الوزراء بأن تشرف ولاية الخرطوم على المستشفيات، وأوصى بقراءة الأيلولة وفق منظور النظام اللامركزي. من ناحيته انتقد د. محمد عبد الرازق كبير الجراحين بمستشفى الخرطوم قرار الأيلولة، ودمغ التزام وزارة الصحة الولائية بمعالجة مرضى الولايات بمستشفيات الخرطوم بأنه «كلام ساكت» والتزام شخصي من وزير الصحة الولائي، لافتًا إلى أن قانون الأيلولة لا يُلزم الولاية بعلاج مرضى الولايات. من ناحيتها، قالت د. إقبال أحمد البشير وزير الصحة بولاية الخرطوم، اتفقنا ألا تغيير في الحقوق المكتسبة للعاملين في المستشفيات وشكّلنا لجنة لذلك، وكشفت عن ترفيع الكوادر الولائية لمساواة نظرائهم الاتحاديين في الحقوق مطلع العام المقبل.