واجهت العاملين بالخدمة المدنية في السودان مشكلات وتحديات عديدة ناتجة عن إخفاق مؤسسات الخدمة المدنية، وعدم تطبيق قوانين العمل ولوائح الخدمة المدنية العامة، وظلت هذه المشكلات قائمة منذ بداية تاريخ الخدمة المدنية في البلاد وحتى يومنا هذا، ولم تتدخل الجهات المسؤولة عن الخدمة المدنية على مستوى الدولة بصورة مباشرة بل ظلت مكتوفة الأيدي تراقب عن بُعد، كما أن بعض مؤسسات الخدمة المدنية لديها أجندة وسياسات تتعارض مع قوانين العمل كالخصخصة، وحل المؤسسة، وتسريح العاملين دون مبرر قانوني، كما أن الموظفين بالخدمة يواجهون مشكلات متعددة تتعلق بالترقيات، والبدلات، والعقد، والإجازات وغيرها من الاستحقاقات، ويشير مراقبون أن الخدمة المدنية ما كان لها أن تصل إلى هذا الدرك السحيق من الأداء لولا تسيسها الأمر الذي أضرّ بجودة الأداء خاصة فيما يتعلق بتعيين كوادر هشة وضعيفة ليس لها مقومات الوظيفة كأولئك الذين يوالون الحزب ثم لا تجد في شهادتهم غير الدرجات الضعيفة فيكون الولاء السياسي متقدماً على الارتقاء العلمي وهذا ما خصم كثيرًا من رصيد الأداء بمؤسسات الخدمة المدنية، ويشير آخرون إلى أن أهم الأسباب التي جعلت الخدمة المدنية في الآونة الأخيرة على حافة الهاوية هو ضعف الاستحقاق الوظيفي للعاميلن بالدولة فمن غير المعقول أن يكون راتب الموظف لا يلبي أدنى متطلبات الحياة ولا يتناسب إطلاقاً مع حجم زيادة الأسعار التي تكون يوماً بعد يوم في حين يظل راتب الموظف كما هو عليه لأكثر من عام، ولذلك تجد كثير من موظفي الخدمة المدنية يمتهنون مهناً أخرى تغطية لفروقات الراتب مع متطلبات السوق. وبالولاية الشمالية تكررت الشكاوى من قبل المواطنين من ضعف الأداء بمؤسسات الخدمة المدنية خاصة تلك المتعلقة بالمعاملة المباشرة مع الجمهور، وفي الاستطلاع الذي أجرته (الإنتباهة) وسط شريحة واسعة من المواطنين أبدى معظمهم حسرتهم على ما آلت إليه الخدمة المدنية ويشير المواطن سعد الدين أحمد إلى أنه إذا أراد بداية أي إجراء لا بد أن يأخذ منه الوقت الكثير خاصة في ظل عدم انتظام الموظفين في الحضور وإذا وجدوا وجودوا في اجتماعات مطولة ثم ما إن يفرغوا من الاجتماعات حتى تجدهم قد خرجوا للفطور وللفطور قصص وحكايات وهي التي يأخذ فيها الموظف الوقت بالساعات، ويشير أحد موظفي قطاع هيئة الإذاعة والتلفزيون أنه ذهب ذات مرة لمقر قطاع الهيئة لإجراء يريده غير أنه وجد القطاع خاوٍ على عروشه من الموظفين، بينما يشير أحدهم أنه اضطر ذات مرة إلى توقيع شيك من داخل منزل مدير قطاع هيئة الإذاعة والتلفزيون بسبب عدم وجوده بالمكتب،بينما تشتكي فئة أخرى من تباطيء الإجراءات بمكتب السجل المدني (الرقم الوطني)، ويشير أحدهم أن ذهب ذات مرة لاستخراج شهادة ميلاد لطفلته فاستغرق وقتاً قدره ثلاث ساعات بدلاً من نصف ساعة، مشيرًا إلى أنه بالرغم من تهيئة المكان جيدًا من أجهزة حاسوب وأماكن انتظار إلا أن العلة في الموظف الذي ما إن يأتي إلى موقعه حتى يغادره في حركة غير مفهومة داخل المكتب وما أن تسأل عنه حتى يأتيك الرد من زميله (انتظر قليلاً.. بيجي هسع) وتستمر هسع إلى ربع ساعة أو تزيد... وهذه نماذج عبارة عن نقطة في محيط يعج بالفوضى وعدم المسؤولية في كثير من الأحيان في استسهال واضح وعدم مراعاة للضمير والوازع الديني وحديث الرسول (من أخذ الأجر حاسبه الله بالعمل).. وإذا كان الموظف يحمل مثل هذه الأخطاء فإن الدولة تتحمل ضعفها إذا أخذنا في الاعتبار التزام الدولة تجاه الموظف والذي يجب أن يحظى بالتدريب والثقل وتمليكه شروط العمل وقوانينه فكثير من الموظفين لا ينالون قدرًا وفياً من التدريب ولذلك يجهلون أبجديات التعامل مع الجمهور وكذلك «76%» من الموظفين لا يعلمون بأم قوانين الخدمة المدنية إلا تلك المتعلقة بالإجازات وأسباب الفصل من الخدمة، أما سوى ذلك فهم بعيدون كل البعد من أسس وقوانين الخدمة المدنية. عموماً يتطلع مواطن الولاية الشمالية إلى أداء جيد من مؤسسات الخدمة المدنية حتى يساهم في ترقية الأداء ومن ثم تنمية الولاية التي شهدت هجرة متواصلة لكوادرها وسكانها منذ فترة التسعينيات وإن كانت قد قلت في العقد الأخير.