شهد مشروع الجزيرة تدهوراً كبيرًا خلال السنوات الماضية بسبب السياسات التي اتبعتها الدولة مما قلص المساحات الزراعية وتفاقمت الخلافات بعزوف المزارعين عن الزراعة بالمشروع وعلى الرغم من اتجاه الدولة لوضع سياسات جديدة والاتجاه للخصخصة إلا انها (زادت الطينة بله) بجانب تطبيق قانون م 2005 والذي وجد رفضا واسعا من كافة قطاعات المشروع وارجع المراقبون الاسباب لسياسات الحكومة غير المشجعة للزراعة،بالاضافة للإدارات غير المنضبطة و المحاسبة، ورفع تقارير خاطئة لم تعالج المشكلات. ولعل الخلافات الاخيرة بين حكومة ولاية الجزيرة واتحاد المزارعين بالولاية حول ادارة المشروع دليل لتفجر الاوضاع بالمشروع والذي يلفظ انفاسه الاخيرة، حيث تبادلت الحكومة والاتحاد الاتهامات في الاجتماع الطارئ مؤخرا بالولاية حيث تمسكت الولاية بموقفها الرامي لادارة المشروع وتغيير قانون 2005م فيما يرى الاتحاد أن سياسة الحكومة تعتبر تدخلاً في ادارة المشروع وهو من صميم اولوياتها معتبرا أن دور حكومة الولاية ينحصر في وجود ممثل واحد في ادارة المشروع للربط بين الادارة والمشروع فيما اعتبر الاتحاد أن قانون 2005 لم يتم تطبيقة حتى الآن وطالب الاتحاد الدولة الايفاء بالتزاماتها تجاه القانون وتوفير المطلوبات الاساسية التي تتكون من 7 بنود والتي تتمثل في وضع وتنفيذ الهيكل الاداري والوظيفي والمالي بجانب تأهيل البنيات التحتية وتدريب الروابط ووضع منهج الدعم التنموي والمحددات الفنية للتركيبة المحصولية مع وضع السياسات التشجعيعة للمحاصيل الاستراتيجية اضافة لوضع ضوابط استخدام الحواشات، والمتابع لتطورات و متغيرات المشروع أن قانون 2005 لم ينه فقط الارتباط التاريخى بين المشروع ومحصول القطن وانما أنهى أيضاً ما تبقى من محاور علاقات الانتاج وقّلص بصورةٍ كبيرة دور مجلس ادارة مشروع الجزيرة فيما يختص بتمويل القطن و الاشراف على زراعته. طُبق مبدأ حرية اختيار المحاصيل عام 2007 رغم صدور القانون فى عام 2005، و نتج عنه انخفاضٌ حادٌ فى المساحات المزروعة قطناً و زيادةٌ ملحوظة فى المساحات المزروعة قمحاً وذرةً، ولكن كان هناك انخفاض فى المساحة الكلية المزروعة بالمشروع وتشير المتابعات أن الموسم الحالي شهد انخفاضاً في الانتاج بسبب عزوف المزارعين عن الانتاج خاصة محصولي الذرة والفول السوداني والتي تقدر بحوالى 40% بالعروة الصيفية مما ينذر ببوادر ازمة في انتاج الزيوت بالبلاد بجانب تلف مساحات واسعة تقدر ب 20 ألف فدان من محاصيل العروة الصيفية بسبب تأخر الزراعة عن مواعيدها وتعرض بعض المحاصيل للغرق وحمل عدد من الخبراء حكومة الولاية والاتحاد المسؤولية بسبب الخلافات الاخيرة، ومن جانبه نفى عضو اتحاد مزارعي الجزيرة والمناقل محمود محمد نورفي حديثه ل (الإنتباهة) وجود خلافات بين حكومة ولاية الجزيرة واتحاد المزارعين وحصر نقاط النقاش في تعديل القانون مع مجلس الادارة مضيفا أن تلك النقاشات لا يمكن وصفها بالخلاف وكشف عن عقد اجتماع بين رئاسة الجمهورية واتحاد مزارعي الولاية لتداول التعديلات حول القانون ولجنة تاج السر وهى مكونة من عدد من الخبراء لبحث سير العمل وتطوير المشروع مضيفا ان اللقاء خرج بفتح الخيارات امام المزارعين لتعديل ما يروه مناسب في العمل بالمشروع ومن جانبه ارجع الخبير الاقتصادي أحمد مالك الخلاف الي ضعف السياسات المتبعة في ادارة المشروع مما ادى للنزاع بين الطرفين لافتا لتقليص دور الاتحاد في الادارة مشيرا في حديثه ل (الانتباهة) أن الخلل في إدارة القطاع الزراعي بشكل عام بسبب سياسة الدولة التي يمكن وصفها بالفاشلة حيث ادى لضعف الانتاج والذي انعكس سلبا خاصة وان الزراعة تعتبر الركيزة الاساسية للاقتصاد، واصفاً القضية بالخطيرة لعدم وجود حل جذري إلا انه رجع وقال لا بد أن تدخل رئاسة الجمهورية بوضع حلول عاجلة لانقاذ الموقف والاتجاه لزراعة أكبر مساحات والاستفادة من موسم الأمطار.