شهدت العلاقات السودانية اليوغندية مواسم من المد والجزر منذ خمسينيات القرن الماضي، وظهر العداء جلياً في ثمانينات القرن الماضي عندما اندلع التمرد في جنوب السودان بقيادة جون قرنق، حيث كانت يوغندا أولى الدول التي احتضنت التمرد، فجون قرنق ويوري موسفيني كانا زملاء دراسة وكلاهما يتمتع بفكر تحرري ماركسي. وبالرجوع إلى أواخر العام 1987م يبتدر إلى الأذهان اعتقال جون قرنق نحو مائتي فرد من الثوار الأوغنديين الذين كانوا على خلاف مع موسفيني حينها، وقد ظل قرنق محتفظاً بهؤلاء الثوار في سجون الحركة الشعبية بشرق الاستوائية حتى نهاية العام 1991 بعد أن هرب نحو «50» فرداً ممن بقوا على قيد الحياة. وتمكن ثلاثون فرداً منهم فقط من الوصول إلى العاصمة الأثيوبية. وبرر موسفيني دعمه للحركة الشعبية بغرض تحرير السودان من الاستعمار، ودعمت يوغندا الحركة الشعبية لوجستياً ومادياً، وفتحت بعض المعسكرات للتدريب. وكان المبرر الثاني لموسفيني أن السودان يقوم بدعم جيش الرب بقيادة الجنرال جوزيف كوني. الاتهامات المتبادلة بين الدولتين ساهمت في زيادة التوتر بينهما، وبلغ هذا التوتر أوجه في العام 1995 حيث تم قطع العلاقات الدبلوماسية بين الدولتين، لكن سرعان ما قامت الولاياتالمتحدة بلعب دور الوسيط وتم توقيع اتفاقية أمنية في العام 1999 نصت على عدم دعم أي من البلدين للمعارضة المسلحة في البلد الآخر، لتشهد بعدها العلاقات تقارباً متزايداً استمر حتى العام 2001 عندما عقدت قمة الإيقاد بالخرطوم وتم التبادل الدبلوماسي وخرجت القمة وقتها باتفاق ثنائي على دعم العلاقات بين الدولتين. ووقع السودان مع يوغندا اتفاقية في العام 2002 سمح بموجبها ليوغندا بملاحقة جيش الرب داخل الأراضي السودانية وظل هذا الاتفاق يجدد سنوياً حتى انفصال جنوب السودان في العام 2011. وأرجع مراقبون تحسن العلاقات وقتها بين الجانبين لجهة أن يوغندا تعاني من مشكلة داخلية تتمثل في مواجهة ثلاث حركات متمردة، كما أن تورط كمبالا في حروب إقليمية مع ست دول أفريقية منذ العام 1998 أدى إلى تدهور الأحوال الاقتصادية للدرجة التي خشي فيها النظام اليوغندي وقتها من تحالف القوات الكنغولية عبر الحدود مع القوات المتمردة الداخلية. ويرى محللون سياسيون أن موسفيني هو رجل أمريكا وإسرائيل في المنطقة، خاصة بعد ما تسربت بعض المعلومات حول توفير أسلحة ومعدات عسكرية إسرائيلية عن طريق يوغندا إلى قوات الحركة الشعبية في جنوب السودان بقيادة قرنق، وقد كانت هنالك اتهامات فرنسية لموسفيني بأنه يقود مخططاً لإضعاف النفوذ الفرنسي في أفريقيا في ظل الصراع الأمريكي الفرنسي على دول القارة، وكذلك في دول البحيرات بتكليف أمريكي خاصة وأن العلاقات بين الكنغو وفرنسا تتسم بالقوة. وأوصت وثيقة أعدها باحثون إسرائيليون بضرورة إقامة تحالفات مع دول شرق أفريقيا، وأكدت الوثيقة على ضرورة تحالفات إسرائيلية مع جنوب السودان ويوغندا تحديداً، وشددت على إقامة هذه التحالفات لأنها تمثل مُركباً مهماً وخاصاً في العقيدة الإسرائيلية في المستقبل. ونصبت يوغندا نفسها حليفاً لأمريكا في المنطقة عامة وضد السودان بصفة خاصة، وظهر ذلك جلياً بعد أن أعلن الرئيس الأمريكي الأسبق بيل كلينتون أن السودان دولة راعية للإرهاب. واعتبرت نفسها حليفاً لمحاربة الإرهاب العالمي، وعملت كوسيط لتوصيل مساعدات أمريكية إلى قوات الحركة الشعبية. ويرى مراقبون أن يوغندا هي عين إسرائيل على المنطقة خاصة في مجال تأمين المياه لإسرائيل، وأنها تقوم بتنفيذ إدارة شؤون الدول الغربية والولاياتالمتحدة في المنطقة، وأنها لا تتردد في تنفيذ أي مهام موكلة إليها من قبل الغرب. كانت يوغندا الحليف الإستراتيجي للحركة الشعبية منذ أن كانت الأخيرة في مهدها، وظلت العلاقات على ذات القوة طوال سنوات اقتتالها مع الحكومة، ولم تكن يوغندا على رضا بتوقيع اتفاقية السلام الشامل في نيفاشا.. ورغم ذلك استمرت على ذات الصلات مع الحركة الشعبية وواصلت دعمها لخيار الانفصال. بل إن هناك اتهامات لموسفيني بالتسبب في سقوط الطائرة المروحية الرئاسية اليوغندية التي أودت بحياة زعيم الحركة الشعبية جون قرنق في العام 2005، خاصة في ظل الحديث عن أن الغربيين الذي دعموا الحركة الشعبية يرون أن قرنق قد انتهت مرحلته. بات موسفيني أكثر القادة الأفارقة الموالين للغرب، وتؤكد ذلك تفاصيل اللقاء المغلق الذي تم في العام 2011 بين موسفيني ووفد من الدول الأعضاء بمجلس الأمن الدولي. وتشير المعلومات إلى أن موسفيني وقتها طلب من الوفد حث قادة الحركة الشعبية على اختيار خيار الانفصال، وأن بلاده مستعدة لدفع أي ثمن مقابل انفصال جنوب السودان الغني بالثروات. ومن خلال متابعة الساحة السياسية الدولية يتبين أن موسفيني كانت لديه خطط إستراتيجية لانفصال جنوب السودان، مستصحباً أفضاله على الحركة الشعبية لذلك أراد استرداد الدين من خلال الاستفادة من ثروات الجنوب، وتمثلت هذه الخطط في محاولة تصدير بترول الجنوب عبر ميناء ممبسا بدلاً عن بورتسودان، لضمان تشغيل أعداد كبيرة من العمالة اليوغندية، كما أن يوغندا تسعى إلى إيجاد سوق رابحة في جنوب السودان وانعاش اقتصادها من خلال الصادرات اليوغندية إلى السوق الجنوبية. ولم يكن إدخال المنهج اليوغندي في السلم التعليمي لجنوب السودان صدفة، بل جاء بغرض فرض الثقافة اليوغندية في دولة الجنوب التي بها عدد من اليوغنديين في الخدمة المدنية حالياً. ظلت يوغندا حليفة وصديقة للحركة الشعبية طوال الفترة الانتقالية، ورغم الاتفاقية الموقعة بين السودان ويوغندا إلا أن العام 2009 شهد توتراً في العلاقات بين البلدين على خلفية مناصرة يوغندا لقرار المحكمة الجنائية الدولية بتوقيف الرئيس عمر البشير، بالرغم من إعلان الاتحاد الأفريقي رفضه لقرارات الجنائية. وقد أعلن وزير الدولة بالخارجية اليوغندية وقتها مناصرته للمحكمة الجنائية بعد زيارة المدعي العام اوكامبو إلى يوغندا في العام 2010، وقررت يوغندا مناصرة الجنائية رغم توجيه الدعوة للرئيس البشير في اجتماع القمة الأفريقية بيوغندا. وتصاعدت المواجهات بين السودان ويوغندا في العام 2010 إبان قيام مؤتمر مياه النيل في يوغندا حيث تم توقيع اتفاق عنتبي، ولم يعترف السودان بالاتفاقية ولم يكن طرفاً فيها، كما أثارت مساندة السودان لمصر في قضية مياه النيل حفيظة يوغندا. وبعد أن تحقق انفصال جنوب السودان اتجهت يوغندا إلى احتضان الحركات المتمردة في دارفور. ونسقت في العام 2013 لجمع الحركات المسلحة ببعض القوى السياسية المعارضة في الداخل، وتبنت ميثاق عرف لاحقاً ب«الفجر الجديد» أو وثيقة كمبالا، والتي جاءت بعد توقيع اتفاق التعاون المشترك بين السودان وجنوب السودان في العام 2012، ومنذ ذلك الوقت ظلت يوغندا ترعى الحركات المسلحة في السودان، ولم تكتف باستضافتها على أراضيها، بل أنها ذهبت إلى أكثر من ذلك حيث وافقت على مساعدة الحركات المتمردة بتقديم كافة أنواع الدعم والتسهيلات المطلوبة بما فيها توفير السلاح وجوازات السفر وكافة الوثائق المطلوبة لكثير من قادة الحركات وأسرهم.
