وصف وزير الدولة بوزارة الإرشاد والأوقاف محمد مصطفى الياقوتي، إنتهاج دولة جنوب السودان للعلمانية في إدارة الدولة بأنها إيجابية، وأكد عدم إلزام أو سوء نية لقسر المسلمين بالجنوب تجاه فكرة محددة، ما يُعطي الفرصة لحراك دعوي كبير. وقال الياقوتي أمام الاجتماع التنسيقي التشاوري مع المجلس الإسلامي لجنوب السودان، إن وزارته تسعى لتحويل مذكرة التفاهم مع المجلس إلى شراكة أرفع، مشيراً إلى أن توسيع حركة الدعوة بالجنوب واجب ديني. ودعا الياقوتي كل العاملين في حقل الدعوة للإسهام في تلطيف العلاقة بين الشعبين، مشيراً إلى أن الانفصال سيظل سياسياً ولن يؤثر في الصلة بين الشعبين. من جانبه قال عضو وفد المجلس الإسلامي لجنوب السودان أبوبكر دينق أجاك، أن المجلس هو عبارة عن اندماج لكل المنظمات والهيئات العاملة في جنوب السودان مثل الهيئة الإسلامية لجنوب السودان، والمجلس الإسلامي لجنوب السودان، والمجلس الإسلامي للسودان الجديد. وشدد عضو المجلس الإسلامي قمر الدولة محمد سليمان، على أهمية قيام توأمة بين وزارة الإرشاد والوزارات ذات الصلة في جنوب السودان، لضمان تنفيذ البرامج والأنشطة، مشيراً لأهمية بناء قدرات المجلس الإسلامي، وفتح قنوات التواصل، وتنشيط دور منظمات المجتمع المدني.