اعتبر عدد من قيادات المعارضة، ان كلا من المؤتمر الوطني والحركة الشعبية يتحملان وبقدر كبير وزر انفصال جنوب السودان في حال حدوثه،وذلك من خلال التباطؤ في انفاذ اتفاقية السلام الموقعة في نيفاشا،خصوصا البنود المتعلقة بالعمل علي جعل الوحدة خيارا جاذبا لاهل الجنوب ،الامر الذي رفضه المؤتمر الوطني،مؤكداً انفاذ معظم بنود الاتفاق. وقالت القيادية في حزب الامة القومي رئيسة المكتب السياسي، سارة نقد الله ، في المهرجان السياسي الذي اقامته الهيئة الطلابية لدعم الوحدة بقاعة الشارقة بالخرطوم امس، ان الشريكين اضاعا السنوات الخمس من عمر الاتفاقية في مشاكسات لا طائل من ورائها ، ورأت ان المؤتمر الوطني فشل في هذا الجانب من خلال التلكؤ في انجاز مشروع المصالحة الوطنية . واشارت الى ان حزبها تقدم بمجموعة من المعالجات لازالة تظلمات السنين التي حاقت بالجنوب عبر تقديم اعتذارات عن ما اسمته بعمليات الاستعلاء الثقافي والعرقي الذي مورس في فترات تاريخية سابقة، وضرورة ازالة كافة المتاريس التي تعترض فكرة المساواة علي اساس المواطنة والقضاء علي فكرة مواطن درجة اولي ومواطن درجة ثانية، قبل ان تقول انهم يحسون بأنهم «مواطنون في درجة الطيش»، في ظل غياب اسس الحرية. من ناحيته، حذر القيادي بحزب الامة القيادة الجماعية عثمان حميدة ، مما اسماها بمزايدات الشريكين في امر قضية الوحدة ، وقال ان الشمال والجنوب «يتدثران بثوب واحد وان تمزق هذا الثوب في احد جوانبه سيتعرى الجميع». من جانبه، دعا الامين العام للحزب الاشتراكي العربي الناصري، مصطفي محمود، الى تجميع صفوف كل القوى السودانية لمواجهة التحدي الذي ينتظر البلاد ،ورأى ان موافقة القوى السياسية على حق تقرير المصير في وقت مضى « تمت بحسن نية دون ان تعلم انها خطوة اولى لتقسيم السودان وفق استراتيجية المشروع الصهيوني الامبريالي الساعي لتقسيم البلاد»، وقال انه لو استمرت هذه الفرقة واستأثر الشريكان بالسودان شمالا وجنوبا فإنه سيأتي وقت لن نجد فيه وطنا نتصارع عليه. واعتبر القيادي في الحزب الاتحادي الديمقراطي الاصل، تاج السر محمد صالح، ان تعطيل العمل بالنصوص الدستورية وخصوصا النص 22 المتعلق بمسألة المصالحة الوطنية من قبل الشريكين ، هو الذي قاد البلاد لهذا المنعطف الخطير ، وشدد على فتح باب المشاركة الواسعة للجميع اسوة بماحدث من القاعدة الطلابية . وقال ان توفير الحرية في التعبير لدعاة الوحدة بالجنوب من شأنه ان يصب ايجابا في مسألة تحقيق الوحدة ،لكنه عاد وحمل الحركة الشعبية والمؤتمر الوطني تبعات الانفصال حال حدوثه. لكن القيادي بالمؤتمر الوطني، ابراهيم غندور، رفض اتهامات القوى المعارضة وقال ان معظم بنود الاتفاقية تم انجازها فيما يتعلق بالسلطة والثروة ،مشيراً الى ان لهم تحفظات في تنفيذ بند الترتيبات الامنية، وشدد على ان المؤتمر الوطني لم يساوم على الوحدة بالبترول ،او غيره ؛»لان وحدة السودان لاتقدر بثمن «. وجدد التزام حزبه بالعمل من اجل الوحدة الى اخر لحظة واجراء الاستفتاء وفقا لما تحدده مفوضية الاستفتاء باعتبارها صاحبة الحق في ذلك وفقا للقانون، وجدد دعوة المؤتمر الوطني للقوى السياسية من اجل المساهمة في دعم خيار الوحدة، وقال ان بعضا من دول الجوار للسودان تفكر في التوسع شمالا وهو ما يعني ان دولة الجنوب في حال حدوث الانفصال ستكون مطمعا لهم.