أثار تأجيل الإستفتاء ردود أفعال واسعة على المستوى الرسمي والشعبي، وتضاربت التصريحات، بعد ان نفى رئيس المفوضية محمد إبراهيم خليل، طلبهم بالتأجيل، وأكد ان قرارات التأجيل تخص الحكومة المركزية وحكومة الجنوب، وان المفوضية مهمتها تنحصر في تحديد المشاكل التي تعترض الإستفتاء فيما تأتي الحلول من قبل الرئاسة، في الوقت الذي أشار فيه مختصون بإستحالة قيام الإستفتاء في مواعيده نسبة لضيق الوقت، مما يقتضي حسب نص القانون منح فترة ثلاثة اشهر لاجراء الاستفتاء عقب استكمال السجل النهائي للناخبين، كما يعطي فرصة شهرين للطعون والفصل فيها من قبل المفوضية ومن ثم القضاء وهوما لم يتم حتى الآن . ونبه رئيس المفوضية محمد ابراهيم خليل رئاسة الجمهورية ان إجراء الإستفتاء يحتاج لخمسة أشهر على الأقل عقب اعداد السجل الاولي للناخبين استنادا للجدولة المنصوص عليها في قانون الاستفتاء، موضحا ان القانون ينص على منح فترة ثلاثة اشهر لاجراء الاستفتاء عقب استكمال السجل النهائي كما يعطي فرصة شهرين للطعون والفصل فيها من قبل المفوضية ومن ثم القضاء، وأشار الى انه لابد من تعديل القانون لتقليص هذه الفترات الزمنية. ومن جانبه نفى خليل، ان تكون المفوضية قد طلبت تأجيل الاستفتاء، وشدد على ان قرار التأجيل امر يخص الحكومة المركزية وحكومة الجنوب ،مؤكداً ان المفوضية لا علاقة لها بالاحزاب السياسية وانها تتعامل بصورة مباشرة مع رئاسة الجمهورية،في غضون ذلك، قال الامين العام للحركة الشعبية باقان اموم ان اتفاقية السلام الشامل تتضمن آليات اخرى في حال الفشل في اجراء الاستفتاء في موعده ،قاطعا بأن القرار وقتها سيكون في يد برلمان الجنوب. ونفى اموم في مؤتمر صحافي عقب الاجتماع الطارئ للمكتب السياسي الذي انطلق بجوبا، تسلم حكومة الجنوب او الحركة الشعبية لطلب تأجيل عملية الاستفتاء من قبل مفوضية الاستفتاء ،وقال انهم لا يتوقعون تسلم اي طلب من المفوضية بتأجيل الاستفتاء ،واكد ان اتفاق نيفاشا يتضمن آليات اخرى بديلة للاستفتاء في حال عدم اجرائه وقال «إذا لم يتم الاستفتاء فممثلو الشعب في البرلمان لهم الحق في ان يقرروا الآليات المناسبة وفقا لبروتوكول (مشاكوس) بعد ان قطع بتمسك الحركة بعدم اجراء اي تأجيل لعملية الاستفتاء. ومن جهه أخرى أكد نائب رئيس المفوضية القومية للإنتخابات عبدالله أحمد عبدالله في الندوة التي نظمها منبر الدراسات الدبولماسية، ان إجراء الإستفتاء في وقته ضرباً من المحال وذلك لعنصر الوقت، منوهاً الى ان الدعم اللوجستي يحتاج الى جهد كبير يصعب توفيره في الوقت المحدد من الآن لقيام الإستفتاء بجانب إجراء عمليات تسجيل الناخبين. وقال عبدالله، من واقع خبرتي وتجربتي السابقة في الإنتخابات إستطيع ان أقول ان الوقت غير كافٍ لقيام الإستفتاء، مشيراً الى ان عملية تسجيل الناخبين إستغرقت منهم أكثر من (65) يوماً بجانب الطعون والمخالفات ونشر الكشوفات، منوهاً الى الظروف الحالية أصعب من التي تم فيها تسجيل الناخبين في فترة الإنتخابات وذلك لصعوبة الحركة والتنقل في فصل الخريف خاصة في الولايات الجنوبية في هذا الوقت، مضيفاً بان كل هذه العوامل اذا توفرت في الفترة الحالية فان الترتيبات الأخرى وإعداد الميزانية يحتاج الى وقت إضافي أيضاً، وقال اذا لم تستطيع المفوضية تمديد الإستفتاء فمن واقع تجربتنا يمكننا ان نقول ان الإستفتاء لن يتم في أجواء نزيهة وعادلة. وإقترح عبدالله على الجهات المختصة بتمديد فترة الإستفتاء من (10 يناير 10 مايو) اي قبل فترة الخريف وهطول الأمطار. وفي هذه الأثناء تسعى حكومة الجنوب الى التمسك بإجراء الإستفتاء في مواعيده رغم الظروف المحيطه، واوضح بقان أموم ان اجتماع المكتب السياسي للحركة الشعبية أمن على مواصلة الحوار مع الحكومة الاتحادية للتأكد من تعيين الامين العام لمفوضية الاستفتاء وتفعيل عمل المفوضية الى جانب توفير كافة المصادر للمفوضية للحد من اهدار الوقت، واشار لحرص المكتب السياسي اجراء الاستفتاء في مواعيده ،واكد انه اقر الحوار مع المؤتمر الوطني للاسراع في تشكيل مفوضية استفتاء ابيي بعد ان وصف الوضع الامني فيها بالخطير واشار لمواصلة اجتماعات المكتب السياسي لمناقشة قضية دارفور والمشورة الشعبية لولاية النيل الازرق وجنوب كردفان. وكان البرلمان اقر في نهاية ديسمبر الماضي قانونا يحدد تشكيلة وصلاحيات مفوضية الاستفتاء، ويختلف اعضاء المفوضية حول الشخص الذي ينبغي تعيينه امينا عاما لها، وقال اموم ان اللجنة الآن مصابة بالشلل. وبموجب القانون الذي اقر حول تنظيم الاستفتاء، ينبغي وضع (اللائحة النهائية) للناخبين الذين يحق لهم المشاركة فيه (قبل ثلاثة اشهر من اجرائه) اي بحد اقصى في التاسع من اكتوبر المقبل،الا ان مفوضية الاستفتاء لم تبدأ بعد عملية تسجيل الناخبين التي ستستغرق عدة اسابيع،وكان عضو لجنة تنظيم الاستفتاء طارق عثمان الطاهر صرح لوكالة فرانس برس انه (لم يبقَ وقت كافٍ لاجراء هذا الاستفتاء). من ناحيته جدد الأمين السياسي للمؤتمر الوطني ابراهيم غندور تمسك حزبه باجراء الاستفتاء في موعده المحدد ،واعتبر الحديث عن تأجيله يخص حكومة الجنوب و الحكومة الاتحادية ومفوضية الاستفتاء في حال طرحها أسباباً موضوعية تثبت ضرورة تأجيله.