مازالت تداعيات انفصال الجنوب وظلاله على الاقتصاد الشمالي تترى في النزول إلى الأرض لا سيما في جانب القضايا التي لم يتم التوصل بشأنها إلى اتفاقات ملزمة للجنابين حيث أول ما برز إلى السطح وثار حوله غبار كثيف إعلان حكومة الجنوب لطرح عملتها عقب يومين من الانفصال لتعاجلها حكومة الشمال بمفاجأة من نفس الكأس الذي أرادت أن تسقيها منه حكومة الجنوب بإعلانها الأخرى جاهزيتها بل طباعتها لعملة جديدة، ولم ينته مسلسل العملة بين الشمال والجنوب إلا وقفز إلى الساحة موضوع تقاسم النفط أو الوصول إلى إتفاق بشأن استخدام حكومة الجنوب لمنشآت النفط الشمالية عبر الإيجار. ويرى مختصون أن عائدات إيجار خطوط النقل والمصفاة وخدمات الموانيء ستقلل من الآثار الناجمة عن انفصال الجنوب ودعوا الحكومة للاستفادة وتوظيفها التوظيف الأمثل مع الاستمرار في السياسات الاقتصادية الأخرى القائمة على التقشف وترشيد الإنفاق الحكومي وتعظيم الإنتاج غير النفطي والتوسع في الاستكشافات النفطية في الشمال وكذا التنقيب عن المعادن الأخرى التي على رأسها الذهب بجانب التوسع في المظلة الضريبية أفقيا والعمل على استقرار سعر صرف الجنيه والمحافظة على معدل التضخم في حدود معقولة . وقد كشفت الحكومة أن تقديرات رسوم عبور بترول دولة الجنوبالجديدة عبر السودان تبلغ 2.6 مليار دولار سنوياً في وقت وصل فيه وفد من حكومة جمهورية الجنوب للبلاد لمناقشة قضية الرسوم التي لم يحسم أمرها بعد وسلمت الحكومة الوساطة الأفريقية رسميا الرسم الذي حددته لعبور بترول دولة الجنوبالجديدة عبر الشمال بواقع 32.8 دولار للبرميل في وقت أعلنت حكومة جمهورية الجنوب التزامها بدفع رسوم العبور بعد التفاوض مع حكومة السودان بل ذهب وزير الطاقة بالجنوب قرنق دينق أن من حق دولة الشمال سن رسوم عبور للبترول وذكر أنهم اخطروا به من قبل الحكومة للعلم بتحديد مبلغ 32.8 دولار للبرميل وأكد أن المبلغ سيخضع للتفاوض بعد ان وصفه بالضخم ،وقال إن حكومة الجنوب اتفقت مع الشمال على تصدير النفط ومن ثم دفع الفاتورة ،وأضاف أن وزارتي المالية والنفط في الخرطوم تعاونت معهم في تصدير النفط أول شحنة من البترول والمقدرة بمليون برميل لشهر يوليو، وأشار إلى أن هناك ثلاث شحنات تقدر بما يتجاوز مليوني برميل سيبدأ تصديرها عبر الشمال في الأيام القليلة القادمة ولم يقف أمر الاهتمام بأمر ترحيل نفط الجنوب عند وزير الطاقة بدولة الجنوب بل إن رئيس حكومة جمهورية جنوب السودان، سلفاكير ميارديت أعلن رفض بلاده لأي اتجاه لتقاسم النفط مع الشمال وأن حكومته مع سداد رسوم استخدام أنابيب النفط . ومن جانبه يقول الخبير الاقتصادي البروفيسور عصام بوب سبق أن عرضت حكومة الجنوب على الحكومة الشمالية منحها (20-30)% من إنتاج نفط الجنوب في مقابل استخدام خطوط نقله والمصفاة والميناء بالشمال مساهمة منها في دفع اقتصاد الشمال غير أن بوب يرى أن هذه النسبة تبقى افتراضية لجهة عدم وجود قاعدة واضحة وثابتة للتفاوض وزاد إن حصر أمر التفاوض بين الشمال والجنوب في أجرة البنيات التحتية لمنشآت النفط بالشمال لا تعود إيراداته إلى الخزينة العامة بالشمال بالكمال لجهة أن جزءً كبيراً من تكلفة الأجرة سيذهب للشركات المساهمة في ملكية الخطوط والمنشآت وعليه يدعو بوب لضرورة إعادة النظر في حسابات العائد إلى الخزينة العامة على وجه الدقة وزاد أن حكومة الجنوب لا تعرض اتفاقاً اقتصادياً مع الشمال إنما إيجار للمنشآت بصورة مؤقتة ،الأمر الذي يخرج الاتفاق من روح المفاوضات ولم يستبعد بوب تعنت حكومة الجنوب في التوصل لاتفاق سلس يخدم الطرفين نسبة لاستنادها على رؤية أكاديميين وبيوت خبرة غربية جهزت دراسات لإنشاء خطوط نقل لنفط الجنوب تمتد إلى المحيط الهندي الأمر الذي يفرض على حكومة الشمال الاستعداد لتلافي آثار فقدان إيرادات نفط الجنوب كلية في غضون ثلاث سنوات (السقف المحدد لإنشاء خطوط الجنوب) وأضاف بوب إن فطام دولة الشمال من ثدي النفط المكتنز فجأة دون مقدمات أو استعداد سيكون له آثار سالبة لذا على حكومة الشمال عدم الاعتماد على الاتفاق الحالي والتركيز على ما بعده عبر النهوض بالقطاعات الإنتاجية والاستمرار في السياسات الاقتصادية الأخرى القائمة على التقشف وترشيد الإنفاق الحكومي وتعظيم الإنتاج غير النفطي والتوسع في الاستكشافات النفطية في الشمال، وكذا التنقيب عن المعادن الأخرى التي على رأسها الذهب بجانب التوسع في المظلة الضريبية أفقيا والعمل على استقرار سعر صرف الجنيه والمحافظة على معدل التضخم في حدود معقولة .