تباينت الآراء السياسية حول رصد حكومة جنوب السودان لمبلغ 25 مليون دولار لترحيل الجنوبيين المقيمين في الشمال ومصر قبل بدء عملية الاستفتاء، وأطلقت حكومة الجنوب نداء "عد إلى وطنك لتختار"، ويرى البعض أن الخطوة تتعارض مع ترتيبات الاستفتاء. وقال نائب رئيس البرلمان السوداني، القيادي بالحركة الشعبية أتيم قرنق للشروق، إن الحركة طالبت الجنوبيين بالعودة لبناء الجنوب وتحسباً للسيناريوهات المحتملة بعد نتيجة الاستفتاء. وأضاف: "هناك أصوات ارتفعت بالشمال تهدد الجنوبيين وتتوعدهم حال اختيار الانفصال". من جهته، قال وزير الدولة بالزراعة، القيادي بالمؤتمر الوطني أنجلو أتاك إن الخطوة مربكة، سيما وأنها تتعارض مع اتفاق السلام. في غضون ذلك، جدد معتمد محلية أبو جبيهة بولاية جنوب كردفان موسى كجو نتو التأكيد على وحدة السودان التى تمثل خياراً دعا اتفاق السلام لتعزيزه. وقال كجو فى تصريحات للشروق، إنهم سيحترمون خيار المواطن الجنوبى حتى لو كان الانفصال، مبيناً أن الأوضاع الأمنية بالمناطق الحدودية والعلاقات الاجتماعية لن تتأثر حتى لو صوت الجنوبيون لصالح الانفصال.