اتهمت الحركة الشعبية شريكها المؤتمر الوطنى بالتلاعب بعملية تسجيل الناخبين فى الشمال وتعبئة المواطنين ضدها، تمهيداً لعدم الاعتراف بنتائج الاستفتاء، حال حدوث الانفصال، وقال: "هناك بعض الممارسات من صنيع منسوبى المؤتمر الوطني بمراكز التسجيل وتخالف قانون الاستفتاء". ونفى قرنق فى مؤتمر صحفى بالخرطوم، أن تكون الحركة الشعبية قد هددت المواطنين أو أرهبتهم بعدم التسجيل فى الشمال، مبيناً أنه ليس من حق أية جهة أن تجبر المواطن الجنوبى على التسجيل أو التصويت. لكن المتحدث باسم المؤتمر الوطنتي فتحي شيلا قال الحركة الشعبية بدأت ترتجف عندما رأت أن هناك قوى جنوبية مع الوحدة، وأضاف كنت شاهداً على تعطيل وعرقلة مجموعة من المواطنين عن التسجيل في عدد من مراكز التسجيل. وأشار شيلا إلى أن الصراع السياسي الشمالي الجنوبي قديم منذ القرن الماضي والذي حسمها المؤتمر الوطني في اتفاقية السلام بإعطاء الجنوبيين حق تقرير المصير.