أكد باحثون أن الوجود والاهتمام الإسرائيلي بالسودان قديم ولم يكن وليداً لانفصال الجنوب وإنما له أبعاد استراتيجية وأسباب سياسية واقتصادية ودينية، ونادوا بأدوار سودانية مصرية أكثر فعالية في جنوب السودان بغية الحد من التمدد الإسرائيلي. وقال الباحث الدكتور شمس الهدى إبراهيم في ندوة "تأثير الوجود الإسرائيلي في دولة جنوب السودان على الأمن القومي السوداني" يوم الأربعاء إن وجود إسرائيل بالسودان حيوي ومتجدد وله إسقاطاته على المجتمع السوداني بصفة خاصة والمحيط العربي بصفة عامة. ورأى أن الوجود الإسرائيلي في السودان قديم وليس وليد لانفصال جنوب السودان، موضحاً أن اليهود قبل قيام إسرائيل كانوا يبحثون عن وطن والسودان كان من ضمن خياراتهم، وفي الوقت الراهن فقدت إسرائيل وجودها في مصر وتونس بفعل الربيع العربي وجنوب السودان بمثابة البديل. وأضاف شمس الهدى أن إسرائيل تربطها علاقات أيدلوجية بالسودان ولليهود تابوت في منطقة البحيرات حسب ما يعتقدون كما أن جنوب السودان يحقق لهم أهداف استراتيجية منها ملف المياه، حيث تحتاج الدولة العبرية لأربعة مليارات متر مكعب من المياه بينما مياه النقب بدأت تضمحل. وأوضح أن إسرائيل تحاول أن تغير اتفاقية مياه النيل 1959 ولها أكثر من 113 خبير مياه بجنوب السودان. الذهنية الإسرائيلية من جانبه أكد أستاذ العلوم السياسية بالجامعات السودانية الدكتور ياسر أبو أن السودان ظل موجوداً في الذهنية الإسرائيلية منذ زمن طويل. واعتبر وجود إسرائيل فى دولة جنوب السودان ذو خصوصية لأن الجنوب انفصل من جسد السودان والسودان ليس له علاقة مع دولة الكيان الإسرئيلي بينما يدعم حماس وله علاقات مع إيران التي تدعم حزب الله والتوجه الإسلامي. وأضاف أبو أن أهداف وجود إسرائيل فى دولة جنوب السودان لا ينفصل عن أهداف وجودها في أفريقيا، كما أن الصحوة الإسلامية التي تعم المنطقة العربية الآن وهذه الأيدولوجية تعتبرها إسرائيل تهديداً لوجودها. وفي مداخلة للباحث عصام دكين قال إن منطقة السودان ومصر بالنسبة لإسرائيل تمثل إرثاً تاريخياً وعقدياً وهي مهبط لديانتهم وعمقاً استراتيجياً يربط بين العرب وأفريقيا. وأشار دكين إلى وجود 14 ألف مصري في إسرائيل، 10 آلاف منهم متزوجون بإسرائيليات بجانب نحو 6 آلاف سوداني هاجروا إلى الدولة العبرية، مؤكداً أهمية حل الإشكالات الداخلية بإيجاد وحدة وطنية كاملة.