رضخت حكومة السفاح أخيراً للواقع في مصر، معلنة على لسان وزير الدفاع بالنظر، أنها ستدعم التعاون الأمني عبر الحدود، في موقف يدلل على أن حكومة البشير تحاول أن تغير جلدها الأخواني، بعد التخلص من رموز الأخوان في السودان، واتجاهها للتبرؤ من الأخوان في الخارج وعلى رأسهم أخوان مصر، على أمل تفويت الفرصة على الداخل السوداني والمجتمع الدولي بأنها بعيدة عن حزبية الأخوان. وكانت معلومات سابقة أشارت إلى نشاط تهريب السلاح عبر الحدود السودانية إلى مصر، الأمر الذي يعد مغذيا للأعمال الإرهابية التي تعاني منها مصر، خاصة في ظل الدعم المعلن من حكومة السفاح للإخوان المسلمين، والذي انتهى بها الحال إلى استضافة الكوادر الهاربين من مصر، وآخرهم رئيس الوزراء السابق هشام قنديل، والذي تم القبض عليه وهو في طريقه إلى السودان. وفيما كانت أنباء صحفية أشارت إلى أن الحدود الجنوبية والغربية لمصر تعد معبرا للسلاح، سارع وزير الدفاع السوداني الفريق أول عبد الرحيم محمد حسين لزيارة مصر ومقابلة نظيره المصري المشير عبدالفتاح السيسي، معلنا تغير واضح لموقف حكومته المعلن في وصف ما حدث في مصر بأنه انقلاب على شرعية الرئيس السابق مرسي، حيث أكد حسين أن حكومته تقف مع مصر لتحقيق مطالب الشعب المصري، متمنين لها كل الرقي والتقدّم. وكشف أنه اتفق مع نظيره المصري على دعم التعاون الأمني عبر الحدود، وتبادل الخبرات بين القوات المسلحة في البلدين، مع الاتفاق على الروابط التاريخية التي تربط بين شعبي وادي النييل. وأعلن الفريق أول عبد الرحيم محمد حسين، خلال لقائه وزير الدفاع المصري المشير عبد الفتاح السيسي أن حكومته تهنئ مصر على تنفيذ أولى استحقاقات خارطة المستقبل بالاستفتاء على الدستور الجديد. وكان القيادي بالمؤتمر الوطني في السودان الدكتور إسماعيل الحاج آدم سبق أن أكد في تصريحات محدودة إن الحكومة المصرية تحاول تأزيم موقفها مع السودان، كاشفاً عن عدم رضا حزبه عن الانقلاب ضد الرئيس المصري المعزول.
