اشتد الصراع بين الاتحاد السوداني لكرة القدم ومفوضية هيئات الشباب والرياضة بولاية الخرطوم فيما يتعلق بالإشراف على الجمعيات العمومية للأندية على خلفية التعديلات الجديدة التي طرأت على النظام الأساسي للاتحاد السوداني والذي تم اعتماده من قبل الفيفا حيث يرى منسوبو الاتحاد السوداني أن إجراءات الجمعية العمومية لناديي المريخ وأهلي الخرطوم والتي أشرفت عليها المفوضية الولائية باطلة لأن الاتحاد هو الوحيد الذي يملك الحق في الإشراف على الجمعيات العمومية للأندية التابعة له حسب النظام الأساسي الجديد الذي منحه هذا الحق، أما مفوضية الشباب والرياضة الولائية فلم تعير حديث مسئولي الاتحاد اهتماماً كبيراً ومضت في إشرافها على جمعيتي المريخ وأهلي الخرطوم مؤخراً الأمر الذي دعا الاتحاد لمخاطبة جميع الأندية وتذكيرها بأن اي جمعية عمومية لم يشرف عليها الاتحاد ستكون باطلة بحسب قانون الفيفا، وبحسب الجدل الدائر بين المفوضية والاتحاد وتخوف الكثيرون من تصعيد الاتحاد للقضية للفيفا وعودة شبح التجميد من جديد للكرة السودانية يرى أحد الخبراء القانونيين أن الحل الأسلم لتفادي هذه المشكلة في الوقت الحالي الذي يشهد قيام الجمعية العمومية لنادي المريخ أحد طرفي القمة إلى جانب الجمعية العمومية لنادي المريخ طالب بتكوين لجنة مشتركة تضم أعضاء من المفوضية ومن الاتحاد للإشراف على الجمعية العمومية لناديي المريخ والأهلي حتى يتفادى السودان خطر التجميد من قبل الفيفا للمرة الثانية.
