التعديلات التى أدخلها القطاع الإقتصادى بمجلس الوزراء على قانون سوق الأوراق المالية إتساقاً مع إتفاقية نيفاشا ومتطلبات المرحلة القادمة بهدف إعطاء فرصة للجنوب لإنشاء سوق مال يتعامل بالسندات التقليدية أو إنشاء صناديق إستثمارية، بينما يرى البعض أن هناك تخوفاً فى ظل تعامل السوق الحالى بالصيغ الإسلامية، وإعتبروا أن قانون سوق الخرطوم هو القانون الذى ينظم ويحكم عمل ونشاط السوق كما تعتبراحكامه سائدة بينه وبين أى قوانين أخرى كما يلتزم السوق فى كل تعاملاته وأنشطته بأحكام الشريعة الإسلامية. ونص قانون سوق الخرطوم للأوراق المالية على أن تكون للسوق هيئة للرقابة الشرعية تتكون من ثلاثه أعضاء من علماء الشريعة الإسلامية. وإعتبر د. عصام الزين المديرالعام لسوق الخرطوم للأوراق المالية أن التعديلات التى أدخلت على قانون سوق الخرطوم ليست جوهرية،ولن تؤثرعلى أداء السوق ولا المستثمرين أوالمتعاملين مع السوق من الشركات المدرجة والصناديق. وأشارالى أن التعديلات إقتضها الضرورة لتتناسب مع إتفاقية نيفاشا بين الشمال والجنوب والتى هدفت لإعطاء فرصة للجنوب للتعامل بالسندات التقليدية وإنشاء صناديق إستثمارية وغيرها من المتطلبات. وأكد الزين إستعداد سوق الخرطوم لمساعدة الجنوب فى حالة رغبته لإنشاء سوق مماثل بالجنوب لتقديم المشورة وتقديم المساعدات اللازمة التى تمكنه من مزاولة نشاطه بفعالية. وفى غضون ذلك أبدى مصدر إقتصادى تخوفه من انشاء سوق مماثل للاوراق المالية بالجنوب لأن هذا الأمر يمكنه أن يحدث خلافاً جذرياً فى حالة إصرار حكومة الجنوب على التعامل مع سوق الخرطوم للأوراق المالية الذى يتعامل بمبادئ الشريعة، فى حين أن الشركات التى يمكن أن تدخل بواسطة حكومة الجنوب سترفض هذا النهج بإعتبار أن التعامل الذى ستطلبه هو القائم على التعامل الربوى وهذا سيؤدى لعدم التنسيق ومن شأنه أن يتسبب فى إحداث معوقات.