منذ خروجه إلى كمبالا، وتوقيعه المثير للجدل مع مالك عقار على بيان مع الجبهة الثورية التي أقامت الدنيا ولم تقعدها بسبب ميثاق الفجر الجديد، أصبح د. يوسف الكودة في دائرة الإتهام بأنه يلعب أدواراً لمصلحة جهات متناقضة تماماً. فقد صنفه البعض ضمن القوى الموقعة على ميثاق الفجر الجديد وقالوا أنه انتقل بصورة لا تعرف التدرج من أقصى اليمين إلى الوسط ثم إلى أقصى يسار الوسط. ثم إشتم البعض في ما وقع عليه مع رئيس الجبهة الثورية رائحة أفكار الإمام الصادق المهدي، خاصة عند حديثه عن المؤتمر الدستوري الذي يمثل إحدى بنات أفكار الإمام ، ومن المعلوم أن الكودة شديد الإعجاب بالصادق المهدي لدرجة تصوير خطاباته عبر هاتفه النقال. آخر الإتهامات، وأولها كذلك فيما يبدو هو إتهام الكودة في مجالس الخرطوم بأنه غواصة للمؤتمر الوطني، وأن قوى الجبهة الثورية صمتت على هذا الأمر لأن توقيع الكودة الإسلامي السلفي يوصل لها رسالة مهمة مفادها أن ميثاق الفجر الجديد ليس ضد الدين أو الثقافة العربية والإسلامية بدليل توقيع الكودة. ولكن قوى المعارضة التي لم توقع على وثيقة الفجر الجديد شككت في من يقف وراء الكودة ولم يستبعد حزب البعث أن يكون أرسله المؤتمر الوطني إلى كمبالا ل (فرتكة) قوى الفجر الجديد ، لأن الكودة غير معروف بالنسبة لهم في دوائر المعارضة ، بل إن مبلغ علم زعيم حزب البعث علي الريح السنهوري عن الكودة أنه كان مرتبطاً بالنظام حسبما قال في حوار مع (الرأي العام)، ولكن الكودة أزعجه جداً الحديث عنه بوصفه غواصة للمؤتمر الوطني وهو الأمر الذي حاول بإلحاح أن ينفيه لدى حديثه في ندوة تحدث فيها بالقاهرة ، بينما ترددت أصداؤها في الخرطوم.