وصفت الحكومة السودانية قرار المحكمة الجنائية في حق رئيس الجمهورية المشير عمر حسن أحمد البشير بإضافة تهمة الإبادة الجماعية بأنه قرار سياسي وأن المحكمة أصبحت مسيسة وأن قراراتها تتزامن مع مناسبات سياسية واقتصادية لخلق نوع من البلبلة. وقال الدكتور كمال عبيد وزير الإعلام في تصريحات صحافية إن القرارات الأخيرة قصد منها قطع الطريق أمام الاختراقات الإيجابية في ملف دارفور إلى جانب التفاهمات التي تمت مع الرافضين للتفاوض بالإضافة إلى الإستراتيجية الجديدة التي طرحتها الحكومة عبر مسئول ملف دارفور الدكتور غازي صلاح الدين موضحاً أن الاستقرار الأمني الذي تشهده دارفور واحدة من الدوافع التي حركت المحكمة، وقال عبيد إن المحكمة الجنائية محكمة تجاوزها الزمن وأنها لا تثني الحكومة من إنجاز السلام والمضي قدماً نحو التطور والنماء. من جانبه قال البروفيسور إبراهيم غندور الأمين السياسي بالمؤتمر الوطني في تصريح خاص ل(smc) أن الدليل على أن القرار سياسي هو أن المحكمة لم تجتمع للنظر في الحيثيات التي بين يديها بجانب رفضها لكل الحيثيات التي رفعت من أي من الضحايا مؤكداً أن هذا أول مثال لمحكمة تأخذ قراراً ينقد القرار السابق له دون أن يجتمع قضاتها وأضاف غندور أن هذا الارتباك في قرارات المحكمة يدل على أن خط الحكومة السودانية الذي انتهجته منذ بداية القرار وسارت عليه بعدم الاعتراف بالمحكمة الجنائية وقراراتها كان صائباً. وأوضح أن ما صدر في حق رئيس الجمهورية قرار يقوض ويهدم أهم مقومات العدالة بالنظر في الحيثيات والدلائل قبل اتخاذ أي قرار مؤكداً أن هذا الأمر لا يخرج من الكيد والغرض السياسي.