انتقد المؤتمر الوطني السوداني الإدارة الأوغندية على ضوء التصريحات التي أطلقها الرئيس موسفيني بإقامة قاعدة عسكرية في بلاده تنطلق منها حركة العدل والمساواة. واعتبر (الوطني) على لسان أمين أمانة المنظمات د. قطبي المهدي هذا الموقف ليس غريبا على الرئيس الأوغندي الذي ظل يكيل العداء للسودان. وطلب الوطني من دول القارة والاتحاد الإفريقي أن يكونوا على بينة من تصرفات بعض الرؤساء الذين يتخذون قرارات تهدد الأمن والاستقرار في القارة ويهدرون جهود السلام التي تحتاجها القارة. وقلل د.قطبي من الأحاديث التي رشحت بأن تأجيل الاستفتاء خيانة لأهل جنوب السودان ، مشيراً إلي أنه ليس هناك ما يدعو لتأجيل الاستفتاء ، مشيراً إلي أن المفوضية وضعت نتيجة لتماطل الحركة الشعبية في تنفيذ الاتفاقية ، وأضاف أن المفوضية الآن في وضع حرج والفترة وجيزة ولا تكفي لترتيبات جيدة ليعبر المواطن الجنوبي عن رأيه بحرية كاملة. وقال أمين أمانة المنظمات بالمؤتمر الوطني " إذا طلبت المفوضية تأجيل الاستفتاء لفترة محدودة لإجراءات فنية فهذا من حقها " غير أنه أكد أن القرار في النهاية بطرف الشريكين لأنهما الموقعان على اتفاقية السلام ، مؤكدا عدم يوجد شخص يدعو لتأجيل الاستفتاء إلا في مخيلة وذهن أمثال من يغردون خارج "الشعبية" وحول إمكانية إعلان الانفصال من داخل برلمان جنوب السودان ، وقال لا يوجد نص صريح في الاتفاق يسمح بذلك ، مشيراً الي أن ذلك خرق واضح للاتفاقية التي حددت الاستفتاء كأسلوب لحسم المسألة موضحا؛ أي محاولة لتجاوز نص الاتفاقية والتحايل عليها يعتبر خرقا له. من جهة أخرى وصفت لجنة سلام دارفور بالبرلمان السوداني موافقة الرئيس الأوغندي يوري موسفيني على مساعدة حركة العدل والمساواة والسماح لها بإقامة قواعد عسكرية للحركة بأنه سلوك عدائي تجاه السودان والمنطقة الإفريقية. وقال نائب رئيس لجنة سلام دارفور بالبرلمان السوداني د. الفاتح عزالدين في تصريح صحفي إن سلوك الرئيس الأوغندي يصب في اتجاه العداء للدول الإفريقية خاصة وأن موسفيني هو من دعم التمرد في رواندا وعدد من الدول الإفريقية ، مشيراً الي أن اللجنة باعتبارها مختصة بالسلام في دارفور ستناهض تحركات العدل والمساواة تجاه الدول الإفريقية بكافة السبل موضحاً أن الأمر سيصعد عبر الآليات الإفريقية والعربية من خلال علاقات السودان بتلك الآليات بما فيها البرلمانات العربية والإفريقية. وقال عزالدين إن الوضع بدارفور في طريقه للحل النهائي عبر الآليات المتبعة خاصة فيما يتعلق بالاستقرار والتنمية التي تنتظم الولايات إلا أنه قال إن مثل هذه العلاقات من جانب الدول الإفريقية سيضعف مساع الحل ويربك الجهود الجارية في كافة الاتجاهات لحل قضية دارفور. إلى ذلك أكدت أمانة دارفور بالمؤتمر الوطني أن اتجاه أوغندا لدعم واحتواء حركة العدل والمساواة يأتي من باب الكيد وتجديد لمواقفها العدائية تجاه السودان. وقال المهندس عبد الله بدين أمين أمانة شمال دارفور بالمؤتمر الوطني في تصريح صحفي إن هذا النهج غير مستغرب من دولة أوغندا ، وذلك من واقع تاريخ عدائها مع السودان وموقفها السالب من المحكمة الجنائية مشيراً إلى أنه ليس من مصلحة أوغندا أو أي دولة أخرى أن تبث أنشطة معارضة لدولة مجاورة أو تتسبب في إحداث مشاكل أمنية لها. وطالب أوغندا بتعديل مواقفها السالبة حتى لا تكون مطية لجهات معادية تستخدمها في تنفيذ أجنداتها الخاصة بها. وأكد بدين إن لجوء حركة العدل والمساواة لأوغندا هو نهايتها وذلك للاختلافات في الطبيعة الجغرافية والسلوكية بين الطرفين ووجود جيش الرب الذي يشكل مهدداً لأوغندا وحركة العدل والمساواة.