أعلن المؤتمر الوطني رفضه القاطع للتوجهات العلنية لقيادات الحركة الشعبية التي تناقلتها أجهزة الإعلام دعماً لخيار انفصال جنوب السودان. وطالب تصريح مكتوب لحزب المؤتمر الوطني ، طالب الحركة الشعبية بان تعلن بشجاعة اذا ماسلمت بأنها لم تتمكن من تحقيق دولة علمانية في السودان من خلال الحرب و العمل السياسي الدستوري عبر نتائج الانتخابات أن تعلن للشعب السوداني بشجاعة أنها تلجاء لخيار الانفصال. ونبه التصريح قيادات الحركة بان لايفوت عليها ان الدعوة للانفصال ليست حكراً علي الحركة الشعبية حيث ان هناك من اقاموا منابر في الشمال على ذات المنهج ، واعتبر تصريح المؤتمر الوطني الذى أكد فيه ان وحدة السودان تقوم على أساس الإرادة الحرة لشعبه وأنها ستظل هي الأولوية للطرفين وفقا لما نصت عليه اتفاقية السلام التي تقتضي ان يعمل الطرفان لاستدامة وحدة السودان اعتبر ما تريده قيادات الحركة بان يكون خيارهم الوحدة على أسس علمانية يخالف الاتفاقية تماماً التي قامت على جعل خيار الوحدة جاذباً على أساس نظام حكم لا مركزي وعلاقة بين الدين و الدولة تعتمد على تطبيق الشريعة الإسلامية فى المستوى القومي و الشمال و تتيح لولايات الجنوب التشريع بما يناسبها. واكد المؤتمر الوطني أن الدعوة للوحدة تمثل له مبدأ إضافة لالتزامه الوطني والأخلاقي باتفاقية السلام ، كما اكد ان ماوصفه بالصيحات البائسة لن تستفزنه. وعبر التصريح عن اسف الحزب الكثير لهروب الحركة الشعبية الى خيار الانفصال في سلوك سياسي لا يراعي المصالح القريبة و البعيدة للجنوب فضلا عن مصالح السودان كله.