لواء ركن دكتور عمر النور أحمد النور بعد نيل البلاد لاستقلالها وفرض سيادتها على كل أراضيها كان لا بد من وجود قوات وطنية تكون مسؤولة عن حماية العاصمة القومية للبلاد واحتياطي للقيادة العامة الأمر الذي لم يكن في سبيل لتكوينه في عهد الاستعمار لخوف المستعمر من وجود قوات وطنية في العاصمة حيث تتمركز كل السلطات بها وثانيها إن حوادث 1926 م مازالت عالقة بالأذهان، لذا أمرت القيادة السياسية منذ توليها السلطة بتكوين قوة ضاربة من الوطنيين يكون مقرها العاصمة الوطنية «الخرطوم» كبديل للقوات الأجنبية المنسحبة. الإنشاء والتكوين وعندما قررت السلطة السياسية إنشاء الحامية لم تكن هناك سياسة خاصة بالتكوين ولكن القائد العام آنذاك الفريق أحمد باشا محمد أمر بجلب النواة من وحدات مختلفة لتوزيع شرف حراسة العاصمة القومية عليها؛ ولأن الوقت لم يكن يسمح بتجنيد قوة من أبناء المنطقة نفسها وبالرغم من جلب القوة جاهزة من وحدات خارجية فلم تكن عملية تكوين الحامية بالأمر السهل والبسيط فقد قابلتها صعوبات جمة وعقبات كبيرة أهمها الناحية المالية وتوفير السكن للجنود الذين احضروا من وحداتهم الخارجية وكذلك سبل الترحيل، ولكن بعزيمة الرجال وحرصاً منهم على الاستقلال فقد تجاوز الكل هذه الصعوبات وقامت الحامية وها نحن نجد اليوم العديد من المنشآت العسكرية داخل العاصمة القومية وهي خير شاهد لتخطي الرجال لتلك المرحلة وما صاحبها من عقبات وقد اختير لحامية الخرطوم رمزاً يعبر عن طبيعة المنطقة ولارتباط أبناء القوات المسلحة ممثلين في قوة الحامية بأرضهم هو اللونين الأبيض والأزرق وهما رمز النيلين الذين تقع عند ملتقاهما العاصمة. كان هذا في عام 1956 حينما أصدر القائد العام أمراً بتكوين كتيبة مشاة كقوة للحامية يتم تكوينها كما يلي: 1. ينقل بلوك بيادة من كل من الوحدات التالية ليكون بحامية الخرطوم: القيادة الغربية القيادة الوسطى 2. ينقل لحامية الخرطوم بلوك مساعدة من القيادة الشرقية. تكوين رئاسة الأورطة بسرية من القيادة الشمالية يكمل باقي القوة بالتجنيد المحلي من مديرية الخرطوم واستمر الوضع هكذا حتى أواخر عام 7591م حيث تم تجنيد البلوك الثالث وتدريبه بالخرطوم كما تم تجنيد وتدريب البلوك الرابع أيضاً بالخرطوم في عام 0691م. أما الالاي المدرع وسلاح الطيران اللذان تم تكوينهما بالخرطوم في ذلك الحين وكان في طور الإنشاء فقد رأت القيادة إسناد إدارتهما وتدريبهما تحت قيادة موحدة وذلك لتوفير الجهود والتغلب على بعض الصعوبات التي تواجه عادة التكوين الأولي ولكي يكون هناك تنسيق وتعاون وتماسك بين تلك الوحدات خاصة في مجال التدريب وفي يوليو 1965م تم تكوين الكتيبة الثانية حامية الخرطوم في إطار توسيع القوات المسلحة ونسبة لزيادة الأعباء والواجبات المنوط أداؤها من قبل الحامية، وكانت هذه الكتيبة جاهزة في أكتوبر 1966 م وفي نفس التاريخ نقلت الكتيبة الثالثة حامية جوبا إلى حامية الخرطوم فأصبحت حامية الخرطوم تضم ثلاثة كتائب مشاة أي ما يعادل لواء مشاة بالكامل. وفي عام 1967 م انفصل الالاي المدرع من حامية الخرطوم بعد أن انفصل قبله سلاح الطيران «وأصبحت أسلحة قائمة بذاتها» بعد أن تم فصل تلك الوحدات من حامية الخرطوم أصبحت قوات حامية الخرطوم تعرف باللواء الثالث عشر حامية الخرطوم. وفي أكتوبر 1970 م تقرر ترحيل اللواء الثالث عشر إلى القضارف لتكون مقراً له وقبل قيامه إلى القضارف نقلت منه الكتيبة الأولى إلى الالاي المدرع لتكون كتيبة مشاة ميكانيكي للواء الثاني مدرعات، وفي مايو 2791م نقلت كتيبة من اللواء الرابع للواء الثالث عشر حامية الخرطوم لتكون بدلاً للكتيبة الأولى التي نقلت للمدرعات وفي نفس التاريخ تم تحريك اللواء الثالث عشر حامية الخرطوم من الخرطوم لمصر مشاركة من السودان في حرب الاستنزاف ونصرة القضية المصرية وتم وضعه بالجبهة المصرية وكان بقيادة العميد سعد بحر، ولكن لم يمكث بالجبهة فترة طويلة فقد عاد بعهد ستة أشهر من قيامه، وحين عودته من الجبهة كانت خطة التنظيم قد قضت بأن يحل اللواء الثالث عشر حامية الخرطوم وقد كان قد تم حله وتوزيع وحداته على الوحدات التالية: الكتيبة الأولى نقلت للقيادة الوسطى. الكتيبة الثانية أضيفت إلى كتيبة القيادة العامة بعد نقل بعض أفرادها للطيران والدفاع الجوي. الكتيبة الثالثة نقلت إلى اللواء السابع مشاة. أما وحدات الدعم فنقلت إلى اللواء الرابع عشر مشاة. بهذا التوزيع تكون قد اختفت من مسرح التاريخ العسكري وحدة كان لها أثر واضح في مساره الطويل. قامت قوات الحامية منذ تكوينها بالعديد من الأعمال أهمها اشتراك الحامية في أحداث ثورة أكتوبر 1964 م ومساندتها لمطالب الجماهير، كما اشتركت في عمليات الأمن الداخلي بالجنوب كما ساهمت بعض قوات الحامية في حوادث الجزيرة أبا، أما على الصعيد الخارجي فقد شاركت الحامية في حرب الاستنزاف على الجبهة المصرية ضد العدو الإسرائيلي، هذا بالإضافة لمساعدتها للسلطات المدنية في عدة مرات لحفظ الأمن وفي الكوارث والفيضانات بالعاصمة القومية. قيادة الحامية الرتبة الاسم الأميرالاي حسن بشير نصر مؤسس حامية الخرطوم الأميرالاي عمر محمد إبراهيم الأميرالاي على حسين شرفي الأميرالاي عبد الحميد خير السيد الأميرالاي فؤاد فريد عقيد بابكر التجاني عقيد يوسف أحمد يوسف عقيد التاج حمد عميد سعد بحر
