اتهم الصادق المهدي رئيس حزب الأمة القومي المؤتمر الوطني بارتكاب انتهاكات خطيرة بحقوق الإنسان في دارفور.. كما قال إن تغيير النظام أصبح أمراً وارداً في السودان، مما جعل كثيراً من المراقبين السياسيين يتساءلون عن تناقض المهدي، هل هي حنكة سياسية منه لاستقطاب ثقة المؤتمر الوطني؟ ومن ثم اسقاطه في شبكة الربيع العربي؟ فعندما طرح أجندته الوطنية للمؤتمر الوطني، أظهر حسن النية له.. وقال إنه تحوم فيها حلول لمشكلة الجنوب قبل وبعد الانفصال، والمشاكل الاقتصادية، ومن ضمنها كان الاعتراف بالمحكمة الجنائية، وأن تتكون حكومة انتقالية، وتتحول الى حكومة منتخبة، فالمهدي الذي عرف عنه التناقض في أدائه، مرة يكون الأم النصوح، ويطبق عليه مثل «باب النجار مخلع»، فهو من خلال أجندته الوطنية يحاول نصح المؤتمر الوطني واخراجه من محنه الاقتصادية والسياسية، وعاصفة التشتت الأمني. بينما تهب على حزبه عاصفة جعلت التشتت وتضارب الآراء في الامة امراً محتوماً، مما زاد من أزمة الحزب وتفاقمت حتى وصلت الولايات، خصوصاً بعد إقالة الفريق صديق اسماعيل من منصب أمين عام الحزب، باجتماع الهيئة المركزية دون الرجوع للمهدي، وتعيين دكتور ابراهيم الأمين بدلاً عنه، الذي لم يكوِّن أمانة حتى الآن، وكذلك بعدما انفصلت شرق دارفور كولاية مستقلة، عقد الحزب مؤتمراً تأسيسياً استثنائياً، وعين أميناً عاماً ونائب أمين عام لشرق دارفور، لحين انعقاد المؤتمر العام، فقام دكتور ابراهيم بالغاء قرارات المؤتمر التأسيسي وأوقفهم، وقام بارجاع آخرين، وجمد نشاطهم في الحزب، مما خلق خلافات داخل المركز.. بالإضافة الى أنه لم يكن منتخباً، وأن من اتوا به لهذا المنصب للضغط على قيادات الحزب لإسقاط النظام، فأحبطهم، ولم يتحدث حتى الآن عن إسقاط النظام، مما جعل الجماهير تطالب بالإطاحة به، من منصبه، فقال الفريق صديق اسماعيل نائب رئيس حزب الأمة: إن الإمام الصادق المهدي ينظر للقضايا بعقلانية وحكمة، تأتي على غير رؤية الآخرين الذين يستعجلون النتائج.. فالإمام لا يسعى لحل قضايا المؤتمر الوطني من خلال أجندته الوطنية، ولكن يسعى لحل قضايا الوطن، فهناك فرق كبير بين الوطني والوطن، فكل مكونات حزب الأمة تقف مع الوطن وحل قضاياه.. أما بالنسبة للأزمات داخل الحزب فهي أمر طبيعي.. فالأسرة الكبيرة، مهما كان عددها فهي تختلف. أما دكتور ربيع عبد العاطي القيادي بالمؤتمر الوطني قال: إن الإمام الصادق المهدي عرف بالتناقض، فهو دائماً بين التردد والقبول، والشد والجذب.. أما بالنسبة للاتهامات فهي مثل المزارع الذي يزرع البذور في الهواء، فلا اعتقد أن المهدي يريد بهذه الخطط أجندة فهو لا علاقة له بحماية حقوق الإنسان في دارفور وغيرها، لذلك لا أريد للصادق المهدي أن يرتاد هذا الطريق.. ويرى متابعون للمشهد السياسي وأوضاع حزب الأمة بصفة خاصة.. إن هناك الكثير من القضايا الداخلية لحزب الأمة ينبغي معالجتها- على الأقل- للحفاظ على الكيان بدلاً من الحرص على تقديم المبادرات الشخصية لحلحلة مشاكل السودان.. الأمر الذي يجعل من السيد الصادق المهدي متناقضاً في أولوياته في كثير من الأحايين، ومن المعلوم أن للرجل اسهاماته الواضحة في حركة السير السياسي، ويأتي بكثير من المبادرات ومشاركات حزبه في القضايا الوطنية.