قال مركز كارتر الأمريكي الذي راقب الإنتخابات السودانية، إن عملية الفرز في الإنتخابات اتسمت بالفوضى و التلاعب وافتقدت للشفافية والدقة. وأوضح المركز في تقرير تقييمي للإنتخابات ان المفوضية لم تعمل بشكل منهجي على توفير الضمانات الكافية لاجراء انتخابات نزيهة. وأبدى التقرير قلق المركز تجاه ممارسات العنف والتخويف التي تمت في عدد من ولايات الجنوب لا سيما ولايات شمال بحر الغزال والوحدة وغرب الإستوائية. وطالب التقرير المفوضية بمراجعة النتائج خاصة تلك التي أعلنت بعد الفرز اليدوى. من جهة اخرى أكدت المفوضية القومية للإنتخابات انها غير معنية بما جاء في تقرير مركز كارتر.