حذَّر خبراء في مجال المياه من تداعيات قيام سد الألفية على الأمن القومي المائي للسودان، ولم يستبعدوا قيام إثيوبيا ببيع المياه للسودان ومصر في المستقبل. وكشف الخبراء عن إمكانية انهيار السد مما يشكل ما يسمى «تسنامي» يصل إلى الخرطوم. وأكدوا أن إثيوبيا لن تستفيد من مياه الخزان في ري المشروعات نسبة لوفرة الأمطار وضيق الرقعة الزراعية. وقال الوكيل السابق للري أحمد آدم في ندوة المركز العلمي للدراسات الإفربقية حول تداعيات سد الألفية على الأمن المائي السوداني، إن مشكلة إثيوبيا أنها تعتقد أن المياه آتية منها ولم تستفد منها. ومن جانبه أكد الخبير في مجال المياه سيف الدين يوسف، أن أية دولة لا تملك المياه والغذاء يكون أمنها القومي مهدداً. وقال إن أي مشروع لدولة في أعالي النهر يثير الريبة. وأقرَّ بأن إثيوبيا أكثر مشاركة في موارد المياه، ولكن ليست لديها مشكلة.