بعد فوزر الاخوان بالانتخابات المصرية وتولى محمد مرسى للرئاسة فان عهد جديد ستشهده العلاقات السودانية المصرية بعد ثورة 25 يناير 2011م التي اطاحت بالنظام وما اكتنفه من مكائد وضعها النظام السابق للسودان في العلاقات بين البلدين وهو الذي كان منحازا بالكامل سياسيا ودبلوماسيا للغرب وما عرف بحربه على الاسلام على مدى عشر سنوات وزيادة ، كما ان اول زيارة اجرها قائد عربي لمصر عقب الثورة كانت من قبل السودان عندما التقى الرئيس عمر البشير بمقر إقامته بالقاهرة المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين د.محمد بديع وكل من د.محمد مرسى وعصام العريان، وأعضاء مكتب الإرشاد. وقدَّم البشير لهم التهنئة إلى الشعب المصرى، بمناسبة نجاح الثورة المصرية ، ولم تقف العلاقة بين الخرطوم ونتظيم الاخوان بمصر الى هنا بل امتدت بان نظم د.محمد مرسي رئيس حزب الحرية والعدالة بمقر حزبه يوم 18-8-2011م، حفل إفطار للوفد السوداني الذي زار القاهر انذاك، برئاسة مساعد الرئيس نائب رئيس حزب المؤتمر الوطني د.نافع علي نافع ، و حضر الحفل ، ود.عصام العريان نائب رئيس الحزب، ود.محمد الكتاتني أمين الحزب، وعدد كبير من أعضاء حزب المؤتمر الوطني من أبرزهم د.مصطفى عثمان ، سفير السودان بالقاهرة كمال حسن على. هذا وتواصل اللقاءات بين الخرطوم وحزب الحرية والعدالة خاصة عبر اللقاءات التى عقدها السفير بلال قَسَم الله صدّيق قنصل السودان بأسوان بمقر حزب الحرية والعدالة بالمحافظة تلبية لدعوة محمد عبد الفتاح الكرار أمين الحزب بالمحافظة. وأكد القنصل أن العلاقة بين الشقيقتين مصر والسودان وشعبيهما عميقة ومتميزة، وأن ذلك في ازدياد منذ قيام ثورة 25 يناير، مشددًا على أن الشعب السوداني يقف بالمرصاد للممارسات التي يحاول الغرب من خلالها تفتيت السودان وجره إلى الفتن، وأنه قادر على ردها بالوحدة ، من جانبه قدّم محمد عبد الفتاح الكرار الشكر للقنصلية السودانية على تلبيتها السريعة لدعوة الحزب بالحضور في المؤتمر الحاشد الذي أقيم ضمن حملة مرسي رئيسًا بحضور د. محمد مرسي ومرافقيه، مؤكدًا استمرار التواصل بين الحزب والقنصلية بما يخدم الأهداف المشتركة لمصلحة البلدين الشقيقين. بالتالي فان فتح جديد في علاقات البلدين برز ويحتاج من الخرطوم لدفعة أكبر وتمثيل اشمل لضمان بناء خريطة طريق جديدة في العلاقات بين البلدين قوامها تحقيق المصالح والمنافع المشتركة والعلاقات الثقافية والدينية والتاريخية التي ربطت بين البلدين لعهد طويل لا سيما وان المتغيرات الاقليمية والدولية الراهنة تدعو الى ثمتين العلاقات وتعزيزها بخطط عمل وسياسات عملية تحسب لذلك كله حسابه اذ ان مصر والسودان متكاملان من حيث المقومات والمطلوبات والمصير والخصائص ، وليس بناء تلك اللغة مع لقاءات مصرية ضعيفة كما يفعل مكتب المؤتمر الوطني بالقاهرة ، والمهم هنا احلام الامام حسن البنا بدأت بالسطوع ولا تفي بالمطلوب من قبل الخرطوم بيد ان بداية الغيث قطرة- كما هو معروف ومن سار على الدرب وصل.