فندت وزارة الري والموارد المائية اتهامات زعيم حزب الأمة القومي الإمام الصادق المهدي بغياب التفكير الاستراتيجي ووصفه للوزارة بالضعف الداخلي والضعف الخارجي،وأكدت أن المهدي أخطأ في أن الوزارة ترفض بعض التوجهات المفيدة التي تنص عليها الاتفاقية الإطارية، إلى جانب إشارته بأن مواقف دول المنبع ليست عدائية، وشددت على أن تلك الاتهامات غير صحيحة وأن ما طرحه الإمام حول الاتفاقية الإطارية لمياه النيل لم تكن مؤسسة على حيثيات صحيحة، في وقت جددت فيه الوزارة رفضها القاطع التوقيع على الاتفاق الإطاري لدول المنبع بشكلها الحالي. وشدد وزيرالري والموارد المائية كمال علي محمد في رد مكتوب تسلمت "السوداني" نسخة منه حول آراء واتهامات الإمام الصادق المهدي فيما يتعلق بمياه النيل على أن السودان لن يوقع علي الاتفاقية الإطارية ما دامت لا تعترف بالحقوق والاستخدامات والمشروعات القائمة فعلاً، متسائلاً حول كيف يشارك السودان في اتفاقية لا تعترف بأن هنالك شيئاً اسمه مشروع الجزيرة ومشروع الرهد ومشاريع الطلمبات القائمة وخزان الروصيرص وخزان سنار وخزان جبل أولياء وخزان مروي وخزان خشم القربة، معتبراً أن هذا يمثل منشأ الخلاف، وأوضح أن السودان لن يوقع على الاتفاق إلا إذا تم الاتفاق والتوافق بين دول حوض النيل على نقاط الخلاف وهذا الخلاف الذي ينسف مبادرة حول النيل إلا إذا تم تحويل المبادرة إلى مفوضية لاستقطاب التمويل والإشراف على تنفيذ المشروعات التي ترغبها دول حوض النيل. وأوضح وزير الري أن ما أورده المهدي من اتهام لوزارة الري بالضعف الداخلي غير صحيح مشيراً إلى أن التقصير في تعلية خزان الرصيرص وإنشاء خزان أعالي عطبرة والستيت ليس من وزارة الري وإنما من كل الحكومات الحزبية والعسكرية التي تعاقبت على حكم السودان في فترة ما بعد ثورة أكتوبر وفي فترة مايو وفي فترة ما بعد الانتفاضة حيث كان التمويل متاحاً أكثر مما هو عليه بعد التسعينيات، وطالب الوزير من المهدي أن يسأل كل ممثلي دول حوض النيل الأخرى والخبراء الأمريكان والأوربيين الذين شاركوا في المفاوضات عن دور السودان في مفاوضات الاتفاقية الإطارية وفي إحداث التوافق على أسس علمية مهنية كلما احتدم الخلاف وأن مهندسي وزارة الري هم الذين دربوا معظم الخبراء الوطنيين الذين يقودون العمل في قطاع المياه في دول المنابع في الهضبة الاستوائية. واشار إلى أن المبادرة الشعبية التي طرحها المهدي ينبغي أن يتركز عملها على إقناع دول المنابع بمواصلة التفاوض لأنها هي التي أوقفت التفاوض فجأة من جانبها وأنها لم تنفذ القرار الذي اتخذته كل دول حوض النيل بالإجماع بإحالة نقاط الخلاف إلى رؤساء الجمهوريات لدول حوض النيل لمزيد من التفاوض وحسم الخلاف. وحول اتهام المهدي للوزارة بالقبول بأن تكون مياه النيل في قسمة السلطة وليس في قسمة الثروة أكد علي أن الراحل جون قرنق لم يعترض على وضع مياه النيل في قسمة السلطة وليس الثروة لانه يعلم أن السودان وضع خطة شاملة لاستغلال مياه النيل تشمل الشمال والجنوب في السبعينيات بعد ابرام اتفاقية السلام الاولى في عام1972م وشاركت في وضع تلك الخطة الشاملة لاستغلال مياه النيل وزارات الزراعة والرى والثروة الحيوانية في حكومة الجنوب آنذاك المسماة المجلس التنفيذي العالي للاقليم الجنوبي برئاسة ابيل الير بعد عام1972م، وكان المفروض أن يبدأ الجنوب في تنفيذ مشروعات ما يمكن أن نسميه قسمة الثروة لمياه النيل بإنشاء مشروع سكر منجلا حيث اكتملت تصميماته آنذاك وكذلك إنشاء خزان بيدن لتوليد الكهرباء حيث تمكنت حكومة الجنوب عام1983م وعلى وجه التحديد تمكن بونا ملوال الذي كان وزير الصناعة آنذاك من توفير التمويل من ايطاليا لإنشاء ذلك السد الى غير ذلك من المشروعات، مؤكدا استعداده لمناقشة موضوع مياه النيل في إطار قسمة الثروة في مرحلة الاستفتاء