تبادل المؤتمر الوطني والحركة الشعبية الاتهامات بترجيح انفصال الجنوب،لكنهما تعهدا بادامة السلام وعدم العودة الى الحرب مرة اخرى اياً كانت نتيجة الاستفتاء. وقال الامين السياسي للمؤتمر الوطني الدكتور ابراهيم غندور، في مناظرة تلفزيونية مع القيادي في الحركة الشعبية نائب رئيس البرلمان اتيم قرنق،ان الحركة تنصلت عن موقفها من وحدة البلاد ،التي كانت تنادي بها خلال الحرب،وبدأت تنادي بفصل الجنوب. واشار الى ان الحركة»اما كانت تلبس قناعاً وتخفي توجهاتها واما ان مجموعة اختطفت الدعوة الى الانفصال»، وأكد ان المؤتمر الوطني ظل على موقفه من الدعوة الى الوحدة، وسيظل يعمل لها. وتبرأ غندور من دعوات الرابطة الشرعية للعلماء بوقف الاستفتاء باعتباره اجراء باطلاً ، وقال ان الجهات التي تطالب بذلك لاتنتمي الى المؤتمر الوطني،وتحدى ان يشير احدهم الى احدى مؤسسات الحزب تنادي بالانفصال . وقال غندور، ان الحركة الشعبية «تتحجج بالقوانين الإسلامية المفروضة لفصل الجنوب»، وقد شاركت في اجازة هذه القوانين عبر البرلمان،مشدداً على ان كل القوانين اعتمدت بالتراضي»ولم يكن اياً منها بالاغلبية الميكانيكية التي نمتلكها داخل المجلس الوطني»،واتهم الحركة الشعبية باطلاق يدها في الجنوب للتنكيل بالمعارضين والزج بهم في السجون. بالمقابل رفض اتيم قرنق اتهام الحركة بالتنصل عن موقفها من الوحدة،وقال ان الاوضاع في الشمال وسيطرة المؤتمر الوطني على مقاليد الحكم بفرض قوانين النظام العام وغيرها هي التي دفعت الجنوبيين للمطالبة بالانفصال. واشار الى انه منذ العام 1989 ظلت الاوضاع كما هي ولم يتغير اي شئ،واضاف ان آلاف النساء مع اطفالهن زجوا في السجون بقوانين النظام العام،ونفى تماماً ان تكون حكومة الجنوب تعتقل المعارضين،مشيراً الى ان المؤتمر الوطني هو من يفعل ذلك بالشمال.