بدأ حزب مؤتمر البجا خطواتٍ نحو البناء القاعدي لهياكله السياسية والتنظيمية في ولايات الشرق الثلاث وذلك بغرض توسيع المواعين السياسية، وقد حملت آراء قيادات الحزب العديد من الرؤى السياسية حول هيكلة الدولة السودانية عبر الدعوة التي حملها الحزب للأخذ بنظام الحكم الإقليمي وتقسيم الدولة إلى ستة أقاليم (الشمالي - الخرطوم - الأوسط - كردفان - الشرق - دارفور) على أن تمثل تلك الولايات في رئاسة الجمهورية على مستوى نواب ومساعدي رئيس الجمهورية بحيث يعين رئيس الجمهورية رئيساً لحكومة الإقليم بالتشاور مع أهل الإقليم وتوصية حزب الأغلبية على أن يكون ولاة ولايات الإقليم نواباً لرئيس حكومة الإقليم بحيث يتكون مجلس وزراء الإقليم من رئيس حكومة الإقليم ونوابه بالإضافة لأربعة وزراء بوزارات قطاعية على أن يتكون المجلس التشريعي للإقليم وتسند له السلطة التشريعية في الإقليم ورؤساء المجالس التشريعية بالولايات . ويتوافق هذل الطرح حسب متابعين مع ما ظل ينادي به مؤتمر البجا منذ مؤتمره التأسيسي عام 1958م حيث طرح رؤيته لنظام الحكم الملائم لواقع السودان مطالباً بنظام الحكم الفدرالي الذي يمكن من المشاركة العريضة في الحكم وكان ان استجاب الرئيس السابق جعفر النميري في عام 1981م حين أصدر قانون الحكم الإقليمي إستجابة للضغوط السياسية المتزايدة لقوى المعارضة الرامية لتوسيع المشاركة ويشير مراقبون الى إأن ممارسة الحكم الإقليمي لم تبلغ غايتها من جراء شمولية نظام مايو حتى جاءت حكومة الإنقاذ وأعلن الرئيس البشير في العام 1991م العمل بنظام الحكم الإتحادي ليمضي على نفس التقسيمات الإدارية عبر إسم الولاية بديلاً للإقليم لتتفتت الولايات إلى وحدات صغيرة مما أدى إلى إنقسام الولاياتالشرقية بنفس مساحتها وسكانها إلى ولايات البحر الأحمر ، كسلا ، القضارف وهنا جاءت رؤية مؤتمر البجا لتمكينه من المشاركة في الحكم بعد مفاوضات سلام الشرق في العام 2006م بعد ان توافق الطرفان على إنشاء مجلس تنسيق الولاياتالشرقية إستناداً على المادة (26) من دستور السودان إلا ان هذا المجلس لم يجد طريقه للتنفيذ حتى هذه اللحظة كما يقول الدكتور محمد المعتصم احمد موسى أمين التنظيم بالحزب، مؤكدا في حديثه ل (الصحافة) على أن المتغيرات المتعددة في الساحة السياسية السودانية تجعل الأخذ بنظام الحكم الإقليمي أحد المداخل الرئيسية لمواجهة التحديات الوطنية الكبرى في الوحدة والسلام في الوقت الذي تتهيأ فيه البلاد لوضع دستور جديد يتوافق عليه أهل السودان في يوليو المقبل وأشار موسى الى ان حزبه يطالب بالأخذ بنظام الحكم الإقليمي بغرض دعم القرار القومي وتقوية سلطة المركز في رئاسة الجمهورية ومجلس الوزراء القومي بجانب بلوغ الميزات التفضيلية لمجموعة ولايات لما يترتب على تراكم رأس المال من فرص إستثمارية لتحقيق التنمية المتوازنة. ودعا المعتصم إلى أهمية مشاركة جميع السودانيين في كافة مستويات الحكم بما يحقق الوحدة الوطنية للبلاد عبر تحقيق الحكم الراشد والممارسة الديمقراطية وسيادة حكم القانون لتنسيق المهام الحكومية بين مستويات الحكم المختلفة . من جهته شدد المحامي أحمد أونور أمين تنظيم الحزب بكسلا على ضرورة توحيد الرؤية السياسية والسعي إلى واقع إقتصادي وسياسي وتنفيذي أفضل في كل ولاية عبر الطرح الذي يقدمه مؤتمر البجا، وقال إن رؤية الحزب هي الحل الأمثل لتحقيق التنمية والنمو الفعلي للولايات وتوقع أونور رفض الحزب الحاكم لرؤية حزبه لتخوفه من الإنفصال أسوة بتجربة الجنوب مشيرا الى سعيه لتكريس القبلية والجهوية بمحاولة تحقيق بعض مطالب القبائل باقامة ولايتين في البحر الأحمر لشق صف البجا والحد من ثورتهم وطالب المحامي أونور المؤتمر الوطني الإيفاء بحقوق مسرحي مؤتمر البجا وتحقيق مطالبهم إنفاذاً للإتفاقية الموقعة مبيناً بأن الوطني دفع بقيادات في الحزب في بعض المناصب وترك بقية الإتفاقية ورؤية القيادات الآخرين وحذر اونور من ثورة مقاتلي البجا في ظل تجاهل الدولة لمطالبهم وقال إن الرؤية الجديدة التي طرحها الحزب خلال المؤتمرات الحالية تعبر عن واقع قياداته وأزمة السودان والحل الأمثل . وعن واقع حزب مؤتمر البجا وضعف قرارات الحزب في الولايات الثلاث في الفترة السابقة تحدث عبد الله كنة نائب رئيس الحزب وقال ان هذا الضعف أثر على الأداء وترك ترهلاً في الأجهزة من جراء عدم إلتزام بعض قيادات الحزب نحو خطة متفق عليها. وقال إن ترشيح موسى محمد أحمد رئيس الحزب مساعداً للبشير أضعف قوة الحزب وقصم ظهره خاصة في ولايتي كسلاوالقضارف بعد ان مارس الوطني ضغوطاً سياسية على البجا وإنتقد كنه بعض الفئات السياسية التي حاولت تمليك مؤتمر البجا العصا في يده لضرب المؤتمر الوطني وهم ينتمون للحزب، ليعود ويقول إن مشاركة الحزب الحالية ووجود موسى حالياً في رئاسة الجمهورية حققت العديد من النجاحات القومية والسياسية عبر تنمية الشرق داعياً الدولة لإزالة التهميش السياسيي والإقتصادي والإجتماعي من ولايات الشرق وقال إن حزبه يطمح في مشاركة عريضة وأوسع بفضل التنمية التي قدمها الصندوق عبر تفاهمات سياسية قادمة مع المؤتمر الوطني. ومن وجهة نظر الكاتب الصحفي والمحلل الإعلامي على عبد اللطيف البدوي فإن مؤتمر البجا حزب أكد وطنيته وهو غير منحاز للإملاءات الأجنبية ويمتلك إرادة سياسية قوية بعد إحترامه للإتفاقية مع الوطني التي حققت مكاسب كبيرة من ضمنها قيام صندوق إعمار الشرق، وأبان البدوي ان مؤتمر البجا لا يملك آيديولوجية عقائدية ووضع نفسه كحركة مطلبية تنصب إهتماماته في إعمار الشرق وقضاياه وطالب البدوي بأن يبتعد مؤتمر البجا عن الجهوية وهو يشق طريقه نحو وضع خارطة السودان بعد أن وضع إعادة هيكلة الولايات بعد ان نادت بها الحكومة والحزب الحاكم وتوقع أن تتوافق القوى السياسية مع تلك الأطروحات للتقليل من تكاليف الصرف الدستوري والسياسي. وقال يمكن أن يكون نائب رئيس الدولة من الشرق لما يحظى به من قيادات فاعلة بجانب أن الدستور قد أشار بأن يكون أي مواطن رئيساً من أية ولاية وطالب البدوي بوحدة كل مكونات جبهة الشرق للإهتمام بالإنسان ليجد موقعه في الخارطة السياسية السودانية . أما المحلل السياسي الدكتور طه بامكار فقد إمتدح أطروحات مؤتمر البجا الجديدة وقال إنها خطوة متقدمة من الحزب لوضع مصلحة السودان نحو رؤية عميقة تخدم القضايا الوطنية للمساهمة في رتق ما تبقى من السودان بعد الإنفصال وقال إن الدستور القادم له أدوار في السلطة والثقافة مما يؤكد نظرة الحزب الجادة واشار إلى أن طرحه يسهم في تكوين السودان الجديد وهي فرصة للوطني لإنفاذ الإتفاقية بكل بنودها وهي تساهم في وحدة السودان وإزالة التهميش في الشرق مضيفاً بأن الخلل الناتج من عدم العدالة في توزيع السلطة والثروة في كل الإتفاقيات هو السبب الأساسي للنظرة غير البعيدة في التعامل مع الأقليات وقال بانها سوف تظل عالقة إذا لم يحل الدستور قضيتي السلطة والثروة وانتقد بامكار إتفاقية الشرق التي كانت تخلو من النجاحات التي تساهم في الوحدة الوطنية بعد إهتمام المؤتمر الوطني بالشكل أكثر من المضمون في ظل ضعف الإتفاقية التي كانت حوارا بين القوى والضعيف بعد الضغوط التي مارستها الحكومة السودانية على إريتريا وفي ظل وجود مشاركين دون مستوى المفاوضات. وطالب بامكار المؤتمر الوطني النظر للبجا وقضاياهم بغير طريقة نظام الحكم بالولاء لان هذه لا تؤدي إلى رتق النسيج الإجتماعي بعد أن أصبحت حكومات الشرق تستجيب لرؤية المركز أكثر من الواقع الماثل امامها ، ضاربا المثل بالتنمية التي جانبت الصواب حين ذهبت بالإستثمار إلى (نيولوك) لولاية البحر الأحمر في ظل مشكلة المياه المنتشرة بالولاية.
