كَشفَت أوراق علمية ومداولات شارك فيها خبراء في الري والزراعة تعاقبت مسؤولياتهم لنصف قرن على مشروع الجزيرة، عن أهم أسباب تدهور المشروع. ونوه عمر الشريف إبراهيم المستشار السياسي لوالي الجزيرة في ورشة عمل نظّمتها حكومة الولاية بمشاركة الوالي بروفيسور الزبير بشير طه إلى التزام رئيس الجمهورية بإعادة المشروع إلى سيرته الأولى قبل إنتهاء فترة رئاسته، وأكد أن هدف الورشة وضع رؤى إصلاحية مُوحّدة وستصاغ كل توصيات الورشة في وثيقة واحدة تقدمها حكومة الولاية للرئيس. ومن أهم المؤشرات التي طُرحت، أن العطش هو السبب الرئيس في التدهور الذي أصاب المشروع ليس لقلة مياه الري وإنما لعدم وجود مؤسسة مهنية مسؤولة عن إدارة شؤون الري لتحقيق المهام الرئيسية وأهمها عدم كفاءة الاستخدام الأمثل للموارد المائية وعدالة توزيع مياه الري. وقال بروفيسور سيف الدين حمد رئيس الجهاز الفني لمياه النيل، المكلف من قِبل وزير الموارد المائية والكهرباء، إن قانون الجزيرة 2005م غير مطبّق بصورة صحيحة، فقد منح صلاحيات الري الواردة به مسؤولية تشغيل عمليات الري من الخزان حتى الترعة الرئيسية، بجانب نظافة الترع الفرعية وهو ما لم يعمل به. وقدم المهندس الريح عبد السلام إنابةً عن إتحاد المهندسين السودانيين، ورقة أكد فيها ضرورة أن تكون الدولة مسؤولة مسؤولية كاملة عن خزان سنار حتى الترعة الرئيسية وتأهيل شبكة الري. وأبرزت الورشة نقاط الضعف وأهمها تضارب السياسات الزراعية والتمويلية والتسويقية، بجانب جمود الوضع الإداري للمشروع وعدم مواكبته للمتغيرات، إضافةً لتهالك البنى التحتية وصرف أموال طائلة وملايين الجنيهات لإدارة الاطماء بدون دراسة علمية.