كشفت مؤشرات الاتجاهات العامة للحركة الشعبية منذ لحظة وفاة د.جون قرنق مؤسسها ، وتولى خلفه الفريق سلفاكير رئاستها عن تحول كبير في نهج الحركة وآلياتها خلافاً لسلفه قرنق بالرغم من أن سلفاكير أكد لدى أدائه لليمين الدستوري بالقصر الجمهوري نائبا أول للرئيس أنه سيلتزم بالسير على خط الراحل قرنق الوحدوي وأن يواصل العمل مع المؤتمر الوطني لجعل الوحدة جاذبة ، كما تعهد بتنفيذ كل استحقاقات اتفاقية السلام الشامل الموقعة عام 2005م بنيفاشا ، ولكن قبل أن ينفض سامر حفل التنصيب الدستوري بدأ واضحاً للرأي العام أن سلفاكير لن يكون حريصاً على وحدة السودان بالشكل الذي يريد أن يخطط له قرنق ويدعم ذلك مواقف سلفاكير في الذاكرة السودانية وخاصة الجنوبية منها بأنه يختلف تمام الاختلاف عن جون قرنق في الحرص على بقاء السودان موحداً حيث لم يكن يخفي نواياه الواضحة تجاه الانفصال بدليل أنه وفي سنوات الحرب وبدايات السلام لم يخرج من مقره في الجنوب والتكرم بزيارة للشمال أسوة بقيادات الحركة، لذا بعد أدائه اليمين الدستوري صدقت نبؤات كثير من المراقبين عندما انكفأ جنوباً وفضل أن يكون مقر أقامته الدائم في جوبا وليس القصر الجمهوري على الرغم من أنه النائب الأول لرئيس الجمهورية ومن أوجب واجباته النظر في القضايا القومية من خلال مكتبه بالقصر بل لم تسجل له محاضر وتشريفات القصر أي زيارة لأي ولاية شمالية ولم تلتقطه كاميرا الإعلام الداخلية والعالمية بالشمال، ويرى كثيرون إن الحركة الشعبية بدأت تغيّر من اتجاهاتها وتكتيكاتها وتحيد عن طريق الوحدة ويظهر ذلك من خلال تفكير الحركة ومعالجتها لخلافاتها مع شريكها المؤتمر الوطني حيث نجدها دائماً ما تميل للمزايدات السياسية. وبدأت الحركة الشعبية في خروقاتها لاتفاقية السلام حيث عقدت ما يسمى بمؤتمر جوبا واحتوت من خلاله الأحزاب الشمالية المعارضة في إطار المزايدة السياسية، إذ لا يليق بالحركة وهي شريكة في الحكم أن تتحالف مع معارضة لأي سبب لأنها حاكمه والمعارضة معارضة، لكن الحركة كان منطقها أن الغاية تبرر الوسيلة واتخذت من هذه الأحزاب وسيلة أرادت أن تحاول من خلالها مواجهة وهزيمة المؤتمر الوطني في الانتخابات واتخذت منهم جسراً لعبور محطات الخلافات مع المؤتمر الوطني الشائكة. ولكن القوى السياسية المعارضة لم يكن لها أوفر النصيب من الحركة الشعبية سوى السراب وتخلت عنهم والقت بهم في سلة مهملات الانتخابات . ومن ثم واصلت الحركة الشعبية خروقاتها عندما أعلن سلفاكير للجنوبيين في كنيسة بجوبا عام 2009م أن الوحدة ستجعلهم مواطنون من الدرجة الثانية ولم يتوقع وقتها أن تصل دعوته الانفصالية إلى أجهزة الإعلام وذكر في مخاطبة إلى الجنوبيين قائلاً:(عندما تذهب إلى صندوق الاقتراع فإن الخيار لك) وقد حصر سلفاكير خيار الناخب في نقطتين ما بين الترغيب في الانفصال والترهيب من الوحدة حيث قال لهم إذا أردت أن تصوت للوحدة لتصبح بذلك مواطن من الدرجة الثانية في بلدك والخيار الثاني فإنه إذا أردت أن تصوت للاستقلال فتصبح عندنا مواطناً حراً في بلد مستقل ليسجل بذلك خرقاً واضحاً على نص الاتفاقية التي تولى العمل من أجل الوحدة الجاذبة الخيار الأول كما أن المؤتمر الوطني حذر من أنه لن يقبل بنتيجة الاستفتاء إذا كانت للحركة الشعبية يد فيها ليشكل بذلك توتر بين المؤتمر الوطني والحركة الشعبية، ومضت الحركة على نهج الخروقات إلى أن تخلت عن أهم استحقاقات الاتفاقية والذي هو أمر ترسيم الحدود إذ لم تسجل الحركة أي حضور في اجتماعات لجنة الترسيم سوى مرة واحدة من بين ست مرات وبررت ذلك بالاحتجاج على عمل اللجنة كما أنها تسعى أن يكون الترسيم بعد الاستفتاء مسجلة بذلك مخالفة صريحة لنصوص الاتفاقية والتي نصت أن يكون الترسيم أولاً مما زاد الفجوة بينها وبين المؤتمر الوطني الذي يصر على أن يكون الترسيم أولاً ويرى بعض المراقبون أن إرجاء الحركة الشعبية ترسيم الحدود لما بعد الاستفتاء تريد به الرجوع إلى الحرب إذ أن معظم المشاكل بين الدول تكون بسبب الحدود بجانب انه لا يمكن أن تكون هناك دولة بدون حدود ، بل انه لا يوجد في العالم دولة ليس لها حدود سوى إسرائيل، لذلك يرى قانونيين إن إرجاء الحدود إلى ما بعد الاستفتاء خرق واضح لاتفاقية السلام بجانب ان الاستفتاء الذي يمكن أن تكون إحدى نتائجه انفصال فلابد أن تحدد الحدود أولاً. ولم تكن قضية أبيي سوى نموذج واضح من مواقف الحركة الشعبية وخرقها للاتفاقية منذ أن تم زجها في اتفاقية السلام إلى أن تم إيصالها إلى محكمة العدل الدولية بلاهاي وقد أرادت الحركة الشعبية من خلالها خلق آليات جديدة ومزيد من التوترات مع المؤتمر الوطني حسب ما ذكر المراقبون ومازالت تثير الجدل حول تحديد الناخب فيها. كما نجد أن أمر الترتيبات الأمنية لم يكن محل اهتمام من الحركة الشعبية والذي كان واجباً من واجبات اتفاقية السلام الشامل حيث لم تكمل الحركة انسحابها من الشمال جنوبا حتى خط 1956م إلا بنسبة 26% الأمر الذي اعتبره المؤتمر الوطني استعداداً منها لإعلان الحرب ومعوقاً أساسيا من معوقات الاستفتاء واشترط قيام الاستفتاء باكتمال الترتيبات الأمنية بانسحاب الجيش الشعبي. ولم يكن من المستغرب أن تحاول الحركة الشعبية إيجاد آليات جديدة لمعالجة هذه الخروقات إذ طلب سلفاكير من أعضاء مجلس الأمن لدى زيارتهم إلى السودان قبل أيام إيجاد قوى دولية لحفظ السلام على الحدود بين الشمال والجنوب الأمر الذي أعتبره المراقبون لا مبرر له حيث لم يكن هناك نص في اتفاقية السلام بإيجاد قوى دولية على الحدود بين الشمال والجنوب . وذكر البروفسير إبراهيم غندور أن طلب نشر قوات دولية على الحدود بين الشمال والجنوب أمر غريب في ظل السودان الموحد وقال لا أعتقد إن الأممالمتحدة ستنظر في هذا الطلب لأن قوات حفظ السلام موجودة على الأرض. وواصلت الحركة الشعبية خروقاتها حيث أعلن سلفاكير انه من الممكن أن يجرى استفتاءاً خاصاً بجنوب السودان حال عدم قيام الاستفتاء في موعده المحدد له حسب الاتفاقية وتم انتقاد هذا التصريح من الأحزاب الجنوبية والمراقبون للساحة السياسية حيث اعتبروا أن هذا التصريح بمثابة إعلان الحرب وفيه خرقاً واضحا لاتفاقية السلام الشامل وانه في هذه الحالة لا يمكن الاعتراف بنتائج الاستفتاء مما زاد مخاوف الأحزاب الجنوبية بان الحركة الشعبية تريد أن تهضم بذلك حقوقهم وتمنع مشاركتهم في الاستفتاء. وقد اعتادت الحركة الشعبية على خرق اتفاقية السلام الشامل ولم يهدأ لها بال إلى أن تنسف اتفاقية السلام وتحقق ما تريده.