كشف مراقبون وأحزاب سياسية عن خروقات في عمليات الإقتراع بمراكز التصويت للإستفتاء على مستوى واسع بولايات الجنوب العشر الأمر الذي يؤكد غياب الشفافية والنزاهة في الإستفتاء. وأبلغت قيادات بحزب الحركة الشعبية التغيير الديمقراطي (smc) قيام إستخبارات الجيش الشعبي بإعتقال لام بوث رئيس الحزب بمقاطعة قويت بولاية الوحدة بسبب إنحيازه لخيار الوحدة، وأكدت أن بوث تم أخذه من امام إحدى مراكز الإقتراع. وفي نفس الولاية تم الكشف عن تصويت حوالي (90) يوغندياً بمركز مدرسة ألير الثانوية بعد إدعائهم بأنهم مواطنون جنوبيون وقال مراقبون محليون ان بعض هؤلاء الأجانب يعملون بالفندق الكيني معتبرين ان مشاركتهم في الإقتراع يعتبر عملية تزوير واضحة خاصة مع ورود تقارير عن مشاركة أجانب على نطاق واسع في التصويت بتواطؤ من منسوبي الحركة وموظفي مفوضية الإستفتاء بالجنوب. وفي ولايات الإستوائية أدت الممارسات التي قامت بها الحركة الشعبية تجاه المواطنين بالتهديد وتوجيه المواطنين للتصويت للإنفصال قسراً لإحجام الكثير منهم عن المشاركة في الإستفتاء وهو ما أدى لتدني نسبة المصوتين بصفة عامة في ولايات الإستوائية الثلاث. وأشار المراقبون إلى ان المراكز الطرفية بغرب الإستوائية على وجه الخصوص شهدت تهديداً ومضايقات للمواطنين للحيلولة دون تصويتهم لخيار الوحدة كما أن استمرار هجمات جيش الرب طيلة أيام الإقتراع أدت لإرهاب المواطنين وعزوفهم عن التصويت في مقاطعة (إنزارا) بغرب الإستوائية. وشكا المواطنون بمراكز مريدي من قيام موظفي الإستفتاء بالتصويت لصالح الإنفصال إنابة عن كبار السن والذين لم يحضروا إلى المراكز التي شهدت غياباً تاماً للمراقبين الدوليين وهو ما تكرر في ولاية شرق الإستوائية التي شهدت تزويراً واسعاً في بطاقات الإقتراع لصالح الإنفصال. وتعرض أعضاء المؤتمر الوطني بالإستوائية لمضايقات للحيلولة دون التصويت لصالح الوحدة وصلت للإعتقال والتهديد وفرض الإقامة الجبرية عليهم بمنازلهم.وأكدت منظمات المجتمع المدني بشرق الإستوائية أن موظفي المفوضية في معظم المراكز وجهوا الناخبين بصورة علنية للتصويت لصالح خيار الإنفصال وقاموا بمراجعة البطاقات بعد التأشير عليها للتأكد من تنفيذ توجيهاتهم مستغلين جهل البسطاء بكيفية التصويت. وفي مدينة كبويتا قام مسنوبو الحركة يعاونهم بعض السلاطين بالتصويت لخيار الإنفصال إنابة عن المواطنين الذين لم يحضروا للإقتراع وذلك على مرأى من موظفي المفوضية الذين لم يتدخلوا لإيقاف هذه الممارسات خوفاً على حياتهم. وفي بحرالغزال حدثت خروقات واسعة في عملية الاقتراع بولاية واراب بعد الكشف عن وجود عدد كبير من البطاقات غير مطابقة للأسماء الموجودة في الكشوفات لدى موظفي المفوضية كما شهدت عدداً من المراكز استمرار الحملات العلنية الداعية للتصويت للإنفصال متزامنة مع استمرار عمليات الإقتراع. وشهدت مقاطعة أريات بولاية شمال بحرالغزال أعتقال السلطات (12) مواطناً بسبب تصويتهم لصالح خيار الوحدة حسب إفادات منسوبي الحركة الشعبية الموجودين في المراكز. وفي أويل عاصمة شمال بحرالغزال تم نقل (15) ألف قطعة سلاح كلاشنكوف عن طريق الطيران من جوبا ليتم توزيعها على المقاطعات المختلفة.