أكدت وزارة الري والموارد المائية ان السودان مازال عند موقفه الداعم لتنفيذ القرار الذي اتخذه وزراء دول حوض النيل بالإجماع في يونيو 2007م برفع أية خلاف حول الاتفاقية الإطارية لتعاون دول الحوض لرؤساء الدول لاتخاذ الإجراء المناسب بشأنه. وأوضحت الورقة التي قدمتها الوزارة بعنوان (رؤية مستقبلية حول الإتفاقية الإطارية) في ندوة لجنة الشئون الزراعية والحيوانية بالبرلمان السوداني والتي خاطبها وزير الري والموارد المائية المهندس كمال علي محمد مؤخراً , أوضحت ان السودان يري ان دول الحوض التي وقعت علي الاتفاقية قد أخطأت بإيقاف التفاوض ابتداءً من مايو 2009م وان الحل يمكن في مواصلة التفاوض سواء علي الصعيد الوزاري او الرئاسي. وأشارت الورقة الي ان مجلس وزراء دول الحوض ظل يتداول حول النقاط الخلافية خلال اجتماعاته بتنزانيا فى يناير 2007م وفي كيجالي برواندا فى فبراير 2007م وبالقاهرة في مايو 2007م وفي يوغندا في 31 يونيو 2007م حيث وافقت كل الدول علي استبدال موضوع الاتفاقيات السابقة بالأمن المائي، ولكن ظل الخلاف قائما بشأن المادة(41 ب) حول الاستخدامات الحالية والحقوق المائية بين مصر والسودان من جهة وبقية دول الحوض من جهة أخري , إضافة لخلاف ثاني حول موضوع ضرورة تبادل المعلومات والإخطار المسبق , والخلاف الثالث المتعلق بإجازة البنود والتعديلات بالإجماع او ثلثي الأعضاء أو الأغلبية المطلقة. وأضافت الورقة ان وزراء الري والموارد المائية لدول الحوض قرروا بالإجماع في الدورة الخامسة عشره في يونيو 2007م ان يرفع الخلاف للحكومات ممثله في رؤساء الدول للبت فيه , وتقدمتا السودان ومصر بمقترح بان يتم تحويل مبادرة حوض النيل الي مفوضية لاستقطاب التمويل لتنفيذ المشروعات ذات المنافع المشتركة بين كافة دول الحوض علي ان تستمر المفاوضات للوصول لرأي موحد بشأن الخلافات الخاصة بمفوضية الإطار المؤسسي التعاوني حيث رفع السودان ومصر مذكرة من رئيسي البلدين لرؤساء دول الحوض الاخري للموافقة علي هذا المقترح , وكان رد فعل رؤساء يوغندا كينيا تنزانيا رواندا بورندي والكنغو ايجابيا بينما اعترضت إثيوبيا علي اتفاقية عام 1959م ثم اتخذت دول المنبع بالحوض قرارها النهائي بالمضى قدماً في توقيع الاتفاقية الإطارية لانشاء مفوضية دول الحوض ووقف التفاوض في هذا المضمار. ووقعت في مايو 2010م خمس دول في عنتيبى وهى يوغندا - اثيوبيا - بورندي - كينيا – تنزانيا ,اتفاقية بشأن إعادة توزيع مياه النيل , بينما أوضح السودان ان سبب عدم الموافقة علي التوقيع هو عدم حسم المادة 41 ب ، مشيراً الى نقاط الخلاف الأخرى المتمثلة فى الإخطار المسبق وإتخاذ القرارات بالإجماع يمكن التغلب عليها.