أكد أستاذ القانون بجامعة النيلين السودانية البروفيسور حسن على الساعوري أن توزيع المياه سيشكل عقبة كبيرة بين دول حوض النيل حال انفصال جنوب السودان ، خاصة بين شمال وجنوب السودان مما يتطلب الاتفاق حول مياه النيل بين الحكومة السودانية والحركة الشعبية قبل الاستفتاء كما جاء في اتفاق السلام الشامل. وقال الساعوري في الورقة التي قدمها في الندوة الإقليمية حول دور الجوار السوداني واستفتاء تقرير مصير جنوب السودان ، بالعاصمة السودانية الخرطوم التي نظمها معهد أبحاث السلام بجامعة الخرطوم ومركز دراسات المجتمع أن الاستفتاء إذا جاء مناصرا لوحدة السودان فإن الوضع بخصوص المياه لن يتغير ، مشيرا الى أن التغيير المتوقع يأتي في حالة خيار الانفصال وبالتالي وجود دولة جديدة في عضوية حوض النيل ليرتفع عددها الى عشرة دول. وأشار الساعوري إلي أن مناقشة أبعاد التغيير في حالة الانفصال تعتمد على طبيعة الدولة الجديدة ومدى حاجتها للمياه والمشاريع المائية المتوقعة فيها والدور المتوقع والموقف من الاتفاقيات المائية السابقة وبعد مناقشة هذه الأبعاد واحدة تلو الأخرى تتضح الصورة تماما ومن ثم يعرف الفرق الذي يحدثه قيام دولة جديدة في حوض النيل. وقال الساعوري في ورقته والتي حملت عنوان (الاستفتاء ومياه النيل) إلي أن حاجة جنوب السودان لمياه النيل ليست ملحة ولم تكن هنالك اتجاهات واضحة لقيادة الحركة الشعبية إزاء مستقبل توزيع المياه بين جنوب السودان وشماله من ناحية وبين دول الحوض من ناحية أخرى. وأكد د. الساعوري أن اتخاذ أي موقف في الصراع الدائر حول المياه سيؤثر من قريب أو بعيد في ما بعد الاستفتاء ونتائجه ولهذا تحتاط الحركة الشعبية لكسب ود جميع دول الجوار حتى تكون سنداً للدولة الجديدة بعد الإنفصال.