في اليوم الختامي في مؤتمر ( دور العلماء في نهضة الأمة ووحدتها ) قدم الشيخ حافظ الشيخ الزاكي ورقة بعنوان ( تجربة تطبيق الشريعة الإسلامية في السودان ) تحدث فيها عن التجربة السودانية لتطبيق الشريعة ، وأشار إلى أن السودان منذ دخول الاسلام كانت تطبق فيه الشريعة الاسلامية وقامت فيه دول إسلامية كثيرة أشهرها سلطنة دارفور ودولة الفونج . وقال الشيخ الزاكي أن تطبيق الشريعة ترسخ في عهد الدولة المهدية ، ثم لما عاد الإنجليز ثانية ألغوا الأحكام الشرعية وحاولوا تقنين ذلك ، إلا أن استمرار المطالبات بتطبيق الشريعة الإسلامية ، ثم مجيء الإستقلال وتشكل جبهة الميثاق الإسلامي التي ضمت الطيف الإسلامي على تنوعه ، وارتفاع الأصوات مطالبة بتطبيق الشريعة الإسلامية قد حولت تلك المطالبات إلى واقع جماهيري عبر المظاهرات والفعاليات الشعبية التي دفعت باتجاه تطبيق الشريعة . ثم جاء نميري، وبإعلانه تطبيق الشريعة بدأت مؤسسات كاملة تعمل على تقنين هذه التجربة وإنضاجها ، فكانت المصارف الإسلامية ثم قوانين الأحوال الشخصية وامتدت إلى باقي الجوانب . وأشار الشيخ الزاكي إلى تطبيق الشريعة في السودان مر بعدة مراحل هي : مرحلة الدعوة والمطاردة ، ومرحلة الصياغة والتشريع ، ومرحلة التنفيذ والتطبيق ، ثم مرحلة التقويم . وأضاف الشيخ أن المرأة السودانية كان لها دور كبير في كل المراحل التي مر بها هذا الموضوع . وتطرق الشيخ إلى أن بعض نصوص دستور 1968م أشارت الى أن أي قانون يخالف القران والسنة يعتبر باطلاً . وقد راعت التجربة السودانية التدرج في تطبيق الشريعة ولم تلتزم بمذهب معين وراعت تأهيل القانونيين ومراجعة لوائح المحامين وتنظيم الفروض والمضاربات التجارية في نظام لا ربوي وغير ذلك من المجالات . ثم تحدث عن الساسة الذين عارضوا الحكم الإسلامي ، وكان على رأسهم الجنوبيون ، وقد استغل جون قرنق هذا الموضوع كذريعة للتمرد على الدولة , وكذلك بعض الساسة الشماليين . وأهم إيجابيات هذه التجربة -حسب الشيخ الزاكي- هي أنها حسمت التوجه الحضاري للشعب السوداني . التعقيب عقب الشيخ مدثر أحمد إسماعيل على هذه الورقة قائلاً إن الأمة الإسلامية لن تنهض إلا إذا قام العلماء بدورهم وهم متحدون ، كما أنه أكد على أن على العلماء الإخلاص وأن يكونوا مع الصادقين ، وأن لا يتعصبوا لأحزابهم وجماعاتهم ، وأن يعقدوا ولاءهم على الإسلام . كما نبه الشيخ مدثر إلى أنه ما لم يقترب العلماء من بعضهم فلربما سيكون تجمعاً عالمياً يضم المسلمين أكثر صعوبة .