كان ملفتاً بحق غياب اسم الدكتور منصور خالد، من قائمة الحكومة العريضة الجديدة والموسعة، ومن قوائم المساعدين والمستشارين الجدد لرئيس الجمهورية أو الوزراء الذين تم الافصاح عنهم مؤخراً. للدكتور منصور مواقف واضحة وميدانية من وحدة السودان، ويبدو أن نتيجة الإستثناء على وحدة البلاد جاءت صادمة له، وتحدثت مجالس المدينة وقتها عن خلافات بدأت تطفو على السطح في العلاقة بين الدكتور منصور خالد وبين ورثة الدكتور جون قرنق داخل الحركة الشعبية حول السياسات التي يجب أن تتبع. ولكن عدد من سياسيي الخرطوم يتحدثون عن عدم توافق مابين إشراك الدكتور منصور خالد ودخول الحزب الاتحادي الديمقراطي الأصل، رغم علاقة الصفاء الظاهرة للعلن منذ أيام المعارضة العنيفة لحكومة الانقاذ في السابق، من تحت مظلة التجمع الوطني الديمقراطي الذي ضم الحركة الشعبية مع أحزاب أخرى، وترأسه السيد محمد عثمان الميرغني رئيس الاتحادي الديمقراطي وزعيم الطائفة الختمية. وعزا أولئك الساسة عدم التوافق بين اشراك الاثنين إلى مواقف قديمة اتخذها الدكتور منصور خالد إبان حكم الرئيس الراحل جعفر نميري- رحمه الله- كادت أن تودع رئيس مجلس رأس الدولة السابق المرحوم أحمد الميرغني السجون، وتدفع بمزيد من المصادرات التي طالت أملاك آل البيت الميرغني آنذاك حيث يقول السيد عز الدين السيد السياسي الضليع والبرلماني المعروف في مذاكرته الموسومة ب ( تجربتي في السياسة السودانية) يقول إن السيد محمد عثمان الميرغني تعرض لكثير من فترات القطيعة بينه وبين نظام الرئيس نميري على نتيجة لخلافات بينه وبين بعض رجال النظام. ويستطرد السيد عز الدين السيد فيقول: (لعل أهم هذه الخلافات ذاك الذي حدث حينما كان السيد محمد عثمان الميرغني في زيارة لمصر وكانت العلاقات السودانية المصرية متوترة ووصلت إلى حد القطيعة وساهمت الصحف المصرية بشكل ما في تردي العلاقة عندما نشرت خبراً بارزاً عن أن الميرغني قد التقى بوزير الأوقاف المصري وبحث معه العلاقات بين مصر والسودان). كان لذلك النشر وفق رواية السيد عز الدين السيد أثارة السالبة إذ سرعان ما اتجه (أصحاب السوء)- كما وصفهم السيد عز الدين السيد- إلى تضخم الخبر لدى الرئيس نميري طارحين سؤالاً إيحائياً هو (لماذا يناقش الميرغني القضايا المصرية السودانية)؟ وذلك جعل النميري يقر مصادرة ممتلكاته واعتقاله واعتقال شقيقه السيد أحمد بمجرد عودتهما من القاهرة وتم استدعاء اللواء زيادة ساتي مدير البوليس بالخرطوم للاستعداد لتنفيذ ذلك الأمر، وتدخل اللواء الباقر - رحمه الله- وطلب تدخل عز الدين السيد لايقاف الأمر.. وقد حدث ذلك وعندما دخل على الرئيس نميري الذي كان يجلس على مكتب اللواء الباقر كان الدكتور منصور خالد وعمر الحاج موسى يدبجان البيان الذي سيذاع حول هذا الموضوع، وكان الحماس لدى الدكتور منصور خالد على أشده في اختيار الألفاظ التي تدين السيد محمد عثمان الميرغني. تدخلات عز الدين السيد ومنطقة أقنعا الرئيس نميري بعدم صحة ما نشرته الصحف المصرية وجرت اتصالات بالميرغني الذي عاد بعد ذلك إلى الخرطوم وسجل كلمة في دفتر الزيارات بالقصر الجمهوري الأمر الذي أدهش النميري بعد ذلك خاصة وأن أحداً لم يخطر بما حدث ووجه لوماً شديداً لمدير مكتبه، وقام بالغاء قرار المصادرة. هذه القصة تبين أن ما بين الدكتور منصور خالد والسيد محمد عثمان الميرغني ليس على ما يرام، وربما دخول الميرغني بثقله وحزبه إلى دائرة الحكم واتخاذ القرار كان هو السبب في ألا يجد منصور خالد فرصة لدخول القصر الرئاسي أو مجلس الوزراء.. وربما كانت هناك تقديرات أخرى تراها قيادة المؤتمر الوطني الحزب الحاكم.