قطع حزب المؤتمر الوطني بعدم وجود أي سقف زمني تزول معه شرعية الجهاز التنفيذي وتسييره لشؤون الدولة إلا بما نصت عليه المواد القانونية بالدستور القومي الانتقالي للعام 2005م.وقال الأستاذ محمد الحسن الأمين القيادي بالمؤتمر الوطني إن الدستور نص على أن يكون أجل ولاية رئيس الجمهورية خمس سنوات تبدأ من يوم توليه لمنصبه. مبيناً أن المادة (69) الفقرة (1) تبين أن نتيجة الاستفتاء حول تقرير المصير إن جاءت مؤيدة للوحدة، يكمل رئيس الجمهورية والنائب الأول أجل ولايتهما وفقاً لنص المادة (57) من الدستور، مؤكداً أن الفقرة (2) تؤكد أنه في حالة اختيار مواطن جنوب السودان الانفصال يستمر رئيس الجمهورية في منصبه إذ كان من الشمال، وقال: إذا كان من الجنوب فيعتبر مستقيلاً، على أن يتولى النائب الأول منصب رئيس الجمهورية ليكمل أجل الولاية إلى حين إجراء الانتخابات. وأوضح الأمين بأن المادة (118) من الدستور حول الأحكام الانتقالية للهيئة التشريعية القومية تنص الفقرة (1) على إكمال الهيئة التشريعية القومية أجلها وفقاً لأحكام المادة (90) من الدستور إذا جاءت نتائج الاستفتاء حول تقرير المصير للوحدة، مبيناً أن الفقرة (2) قالت إنه وفي حالة التصويت للانفصال من قبل مواطني جنوب السودان تعتبر مقاعد الأعضاء الجنوبيين من الهيئة التشريعية القومية قد خلت وتكمل الهيئة التشريعية القومية أجلها إلى حين الانتخابات القادمة.وأكد الأمين أن المادة (226) الفقرة(10) من الدستور تؤكد أنه إذا جاءت نتيجة الاستفتاء حول تقرير المصير لصالح الانفصال فإن الأبواب والفصول والمواد والفقرات التي تنص على مؤسسات جنوبية تعتبرملغاة.